בווידז ולפנים בשירווינט. למד בחדר ובישיבת טלז. בן י"ג ברח לפראג (הבריח את הגבול בתלאות ובהרפתקאות) כדי ללמוד בבית-המדרש לרבנים, שהרב ד"ר א. קמינקא אמר ליסד שם. בפראג גמר את הגימנסיה ואח"כ למד באוניברסיטה זואולוגיה ופילולוגיה שמית, ביחוד ערבית. עוד בהיותו תלמיד הגימנסיה יסד יחד עם אגון קיש עתון יהודי-לאומי לנוער בגרמנית וקיבלו מכתב-עידוד מאת הרצל, ואח"כ לימד עברית באגודת הסטודנטים "בר כוכבא" ובאגודה הציונית ''יודישער פולקספראיין".
בשנת 1901 עזב את לימודיו בפראג ועלה ארצה. נתמנה למנהל בית-הספר ברחובות ויסד שם את גןהילדים הראשון, ואח"כ נתמנה למורה בראשון-לציון. במושבות אלה כבר החל בחקירת החי בארץ ונקרא בכיניי "חוטף-זבובים משוגע". נשא את יהודית בת שלמה גולדין מרחובות והשתקע בירושלים. שם התמסר לחקר החי בלי להתקשר בהתעסקות אחרת. אליעזר בן-יהודה תמך בו תמיכה מוסרית במאמריו ב"השקפה" ואף שינה לו את שם-משפחתו הלועזי אהרונוביץ לשם העברי אהרני (שם זה נכנס גם למלון הזואולוגי העולמי בתור שם-לואי לכמה בעלי-חיים, שהוא גילה אותם ובכינוי המדעי נקראים על שמו). כן תמך בו הפרופ' הבלשן גוסטאב דאלמאן, קונסול שוודיה בארצנו ומנהל המכון הגרמני האוונגלי לחקירת עתיקות הארץ, ששילם לו בעין יפה בעד בעלי-חיים שמסר לאוסף של המכון (האוסף, שנתמלא עלידי אהרוני, מכיל את כל צפרי א"י, סוריה, עיראק וצפון-ערב - שטח חקירותיו) וגם עזר לו לפרסם דברי מדע בעתונים מקצועיים והמציא לו קונים לצפרי א"י וביציהן, פרפרים וחפושיות. מאמריו בעתונות המדעית פרסמוהו בעולם והביאו לו הזמנות רבות ממלומדים וממוסדות מדעיים באירופה להמציא להם בעלי-חיים שונים מארצנו ושכנותיה ומהמדבר. ביחוד נתפרסם על-ידי גילוי המגלן המצויץ, עוף שנחשב כנכחד מן העולם, וגילה עוד כמה בעלי-חיים שלא היו ידועים או שנחשבו כנכחדים. בין לקוחותיו נמנה גם הלורד וואלטר רוטשילד מלונדון. לשם חקירת בעלי-חיים ואורח חייהם במקומות מגוריהם יצא פעמים רבות לנדודים ממושכים בארצות השכנות ובמדבר, בישימון ובמחנות בידואים, ואף בלי בנילויה ושומרי-ראש מזוינים, בסבל, במחסור ובסכנות. באחד המסעות במדבר, בימי מלחמת טורקיה-איטליה, נאסר בחג'אז מתוך החשד שהוא מרגל איטלקי, הובא למצודת קראק (קיר-מואב) ועמד להתלות בין מורדים במלכות. והנה נזדמן שמה ר' יצחק חיותמן כסוכן למכונות-תפירה "סינגר", העיד על זהותו והביא לו הצלה ושחרור. בשני מסעות דרך המדבר נלותה אליו רעיתו והשתתפה עמו בחקירותיו.
כשנוסד בית-הספר "בצלאל" לימד בו עברית וזמרה ויסד בו אוסף של צפרים ופרפרים, כיסוד לבית-הנכאת העברי הראשון בארץ. חלק של האוסף הוצג לראוה בקונגרס הציוני החמישי בבאזל. אח"כ עבר האוסף אל המוזיאון החקלאי של ההנהלה הציונית וכיום הוא במוזיאון הזואולוגי של האוניברסיטה העברית.
ב-1908 השתתף במשלחת מדעית מטעם השולטן עבדול חמיד לחקירת ים המלח ועבר הירדן בראשות הגיאולוג הגרמני פרופ' מכס בלאנקנהורן. ועם אהרן אהרנסון שחקר את הצמחים. ואחרי גמירת המסע ערכו את מוצגיהם בחצר השולטן באיסטמבול, נתקבלו אצלו לראיון ונענדו באותות-כבוד.
במלחמת-העולם הראשונה נתמנה על-ידי המצביא ג'מאל פחה לניהול מלחמה בארבה ולחקירת בעלי-חיים לטובת המדינה וניתן לו התואר "הזואולוג של המחנה הרביעי". אחרי המלחמה עבד בתורת זואולוג ממשלתי עד להוסד האוניברסיטה העברית, ומאז הוא מרצה בה (ובשנים האחרונות יחד עם בתו, ד"ר בת-שבע אהרוני, שהוכתרה בברלין בתואר דוקטור "בתהילה") על בעלי-חוליות בארצנו ובשכנותיה ומנהל את המוזיאון הזואולוגי של האוניברסיטה שהוא יסד אותו.
בבקוריו הרבים באירופה (להובלת בעלי-חיים שצד בשביל אוספים ומוסדות מדעיים) הרצה הרצאותאורח באוניברסיטאות ובאגודות מדעיות, נתמנה לחבר האגודה הזואולוגית האנגלית, פרסם מאות מאמרים בכתבי-עת מדעיים. ערך חקירות בענפים שימושיים שונים (גידול קרפיונים, מלחמה בשרצי-עוף מזיקים ועוד). חיבר ספר הוראות למלחמה בארבה, פרסם מחקרים רבים לזיהוי שמות בעלי-חיים שבתנ"ך ובתלמודים (לשם חקירת שמות הדגים שבתלמוד שהה פעמים במשך חדשים אחדים בדרום בבל בין המנדעים - נוצרים המדברים עד היום בלשון הארמית שבתלמוד בבלי): חיבר ספרי לימוד לבתי-הספר ויחד עם בתו חיבר בשביל תלמידי האוניברסיטה מגדירים ליונקים, לבעלי-כנף ולזוחלים (והיא כתבה ספר על דגים וספר על דוחיים). בזמן האחרון הכינו יחד ספר "תורת החי" לתלמידים והוא עסק בחיבור מלון גדול לזואולוגיה ואנטומיה תנ"כית-תלמודית.