ערך משפטים נגד תוקפיו, אך הענין נשתקע ונסתיים בלי תוצאות, לאחר זמן יצא יחד עם אחיו ר' פנחס למסע תעמולה לדרום-אפריקה ושם נפטר בשנת תרמ"ב.
הרב יעקב שאול אלישר (יש"א ברכה)
נולד בצפת כ"ג סיון תקע"ז (1817). אישיות רבת-גוונים: דין ושופט מצויין, בקי בדיני ישראל ומשפטיו, מעמיק בחקר ההלכה ודרשן וותיק, ויהד עם זה הריהו איש המדינה, עסקן נפלא ואיש-תבונות. במשך חמשים שנה תמימות שלט ביד תקיפה על הקהלת הירושלמית וגם סייע בהרבה להתפתחותה. נוסף על מוצאו ממשפחת רבנים וותיקה הנהו גם ממשפחה של סוחרים ועסקנים שמהם יצאו אנשים שמלאו תפ קידים חשובים בחיי הישוב היהודי בארץ-ישראל.
אביו, ר' אליעזר, מת עליו עוד בהיותו קטן מגיל שבע שנים (תקפ"ד). אולם הוא כבר הספיק להשפיע על הנער. בימי נעוריו סבל מעוני ומחסור. אמי נשאה כעבור ארבע שנים מיום פטירת אביו לראשבית-דינה של ירושלים, החסיד והמקובל רי בנימין מרדכי נבון. הרב נבון היה מחנך מצויין ובביתו בקרה חבורה גדולה של תלמידים לשמוע תורה מפיו, והוא התרועע בחברתם. בהיותו בן ט"ו שנים, השיא לו רבו אשה, יתומה עניה, וגם אז לא חדל מלסמוך אותו על שולחנו. ר' בנימין נבון כבדו ובכרו על שאר תלמידיו כי הבין לנפשו הגדולה וחפץ שהלה ישקיע ראשו בלמודים.
עם מות רבו, פנה לעסוק במסחר. וכבר בראשית עבודתו יצא שמעו כסוחר הבקי בהוויות עולם ובשבילי המסחר אף על פי שהוא תלמיד חכם גדול בתורה. בשנת תרט"ו מוצאים אנו אותו נוסע לדמשק ומיישב סכסוך שנתגלע עקב ירושה. בה בעת החליטה הקהלת היהודית בנא-אמון (אלכסנדריה) שלא לקבל שדר"ים מארץ-ישראל. ורבני ירושלים החליטו פה אחד לשלוח אותו //לבטל את הגזרה". הרב אלישר נסע למצרים והצליח בהשפעתו הגדולה לבטל את התקנה הזאת. צורתו החיצונית, כח דיבורו והשכלתו משכו את לבם של יהודי אלכסנדריה והחליטו לקבלו לרב עליהם. אולם הדבר לא יצא לפועל כי אמו הזקנה סירבה להפרד מעל בנה יחידה.
בשבט תרכ"ט נבחר לכהן כראש-בית-דין בירושלים, במקומו של ר' אברהם אשכנזי שנתעלה ל"ראשון לציון". תקופה זו היא המוצלחת ביותר בחייו. הראש"ל הנ"ל התמסר בעיקר לצד הרוחני של תפקידו ואילו בשאר השטחים נתן להרב אלישר מקום להתגדר בו. הוא היה אז המוציא והמביא בענייני הנהלת העדה וחלקו גדול בפעולותיה. בימים ההם אירע מאורע שציין את כוחו: הקאייד נסים שמאמה, שנפטר בליוורנו, הוריש חלק מהונו לייסוד ישיבה בירושלים. על צואתו קמו עוררים. הרב אלישר נסע לליוורנו יחד עב חבר בי"ד ר' שלמה משה חי גאגין והצליח לבטל את דברי המערערים. וכך נוספה לקהלה בירושלים קרן של מאתים אלף פרנק.
בשנת תר"מ נפטר החכם באשי ר' אברהם אשכנזי. ר' יעקב שאול אלישר היה כבר מועמד למלא את מקומו, אולם מחותנו הקשיש ממנו, הרב רפאל מאיר פאניז'יל (בן 76), נבחר במקומו. בשנת תרנ"ג לאחר מותו של הרב הנ"ל, עלה הרב אלישר על כסא הרבנות בירושלים לאחר ששירת כחצי יובל שנים ברבנות (תרכ"ט - תרנ"ג). שליח מיוחד נשלח מקושטא והביא עמו את הפירמאן של השולטאן שלפיו מתמנה הרב אלישר לחכם באשי רשמי ויחידי מטעם הממשלה. השולטאן גם כבדו "בלבוש-מלכות" וב"אותכבוד".
בשבתו על כסא הרבנות התמסר מאד לאחוד העדות בירושלים, שפילוגן גרם לכמה תוצאות שליליות. ואם אמנם לא הצליח בפעולה קשה וחשובה וו, הכשיר במדה ניכרת את הלבבות לקראת היום שבו תהיה בירושלים רק קהלה אחת.
בעשרים שנותיו האחרונות כנם את חדושיו, פסקיו ודרשותיו והדפיס חלק מהם (חלק מחדושי תורתו אבד בדרך נסיעתו לדמשק). אחד-עשר ספרים נדפסו ממנו (חלקם אחר מותו), והם: "וקרב איש", ירושלים תרמ"א; "מעשה איש" תרמ"ב; "איש אמונים" תרמ"ח; "דרכי איש" תרנ"ב; "שמחה לאיש" תרנ"ג; "ישא איש" תרנ"ו; "דברי איש" תרנ"ו ; "עולת איש" תרנ"ט ; "פני איש" תרנ"ט; "שאל האיש" תרס"ו; "כבגד לאיש" תר"ע. ספרים אלו מעידים על בקיאותו הרבה בספרות התלמודית וכחו בשדה המשפט העברי. - נפטר בירושלים כ"ח תמוז תרס"ו (1906).
על שמו השכונה "גבעת שאול", ליד ירושלים (בנו הרב נסים אלישר היה ממייסדיה בתרס"ח). צאצאיו: חיים משה (אבי משפחת אלישר המסועפת בארץ), נסים בנימין מרדכי, אליעזר ירוחם וסול טאנה (בכורה) אשת משה בכר ישראל.