הערבים שהוכרחו להסתלק מה"חורבה" נטרו לו איבה בגלל נצחונו זה. צעיר ערבי ניסה לירות בו כשישב בביתו בלילה ולמד תורה. היריה החטיאה את המטרה והמתנקש נפל בברחו לתוך בור מלא שמן שומשמין וטבע בו. לאחר כשנה התנקש בו ערבי אחר במכת חרב על ראשו מאחוריו, בלכתו בבוקר השכם לתפלת-ותיקין. חדשים אחדים שכב חולה וכח-זכרונו ניטל ממנו. רק ביומו האחרון חזר לו זכרונו ואז ביקש להביא אליו את כל בני משפחתו וידידיו להפרד מהם.
נפטר בירושלים, י"ט אלול תרי"א ונקבר בשיפולי הר הזיתים ליד קבר זכריה הנביא.
ראשי העדה הספרדית אמרו לעכב את קבורתו, עד שיורשיו יסלקו את התביעות שלדבריהם יש להם עליו (אז עדיין לא היה בית-עלמין עצמאי לאשכנזים), ורק תודות להתערבותו התקיפה של הרב שמואל סלנט נכנע החכם באשי וצוה לא למנוע את הקבורה.
אשתו חסיה נפטרה ד' חשון תרכ"ו ונקברה ליד בעלה.
בנו מרדכי היה מחלוצי החקלאות והתעשיה בארץ (בנו של ר' מרדכי, ר' יואל משה היה ממיסדי פתח-תקוה ושכונות בירושלים); בנו משה נפטר בבגדאד בשובו ממסע שליחות במזרח אסיה; בנו יצחק היה המפקח על בנין בית-הכנסת הגדול של ה"חורבה"; בתו מרים היתה אשת ר' אברהם יצחק טרכטנברג .
אברהם משה לונץ
נולד בקובנה, כ"ה כסלו תרט"ו (סוף 1854), לאביו ר' צבי ולאמו חינה . למד ב"חדר" ושם קבל הוראה פרטית בלימודי-חול. בעודנו נער נתפרסם בעילוי בכל הסביבה, ומשהגיע לבר-מצוה החליטה אמו להעלותו ירושלימה שיתחנך שם בלימוד התורה כי שנים רבות לא היו לה בנים ונדרה, שאם תלד בן תעלהו לארץ-ישראל.
בערב ראש חודש ניסן תרכ"ט הגיעה המשפחה ארצה ואברהם משה המשיר ללמוד בישיבת "עץ חיים" בירושלים בהדרכת הרב משה נחמיה כהנוב. כשרצה לצאת לחוץ-לארץ להשתלם בבית-מדרש מודרני לרבנים, בקשה אמו להניאו ממחשבתו והשיאתו בהיותו בן י"ח לדבורה בת הרב יעקב עקיבא ריטובסקי מקובנה. אך נטיתו להשכלה לא נחלשה. יחד עם אברכים מתקדמים אחרים יסד בתרל"ג אגודה בשם "תפארת ירושלים". בתרל"ד היה ממיסדי הספריה העברית הראשונה בירושלים על שם מונטיפיורי, למלאות לו 90 שנה. בגלל רדיפות הקנאים נשללה ממנו התמיכה שקיבל בישיבה. הוא ניסה למצוא פרנסה כמלמד, אך גם זאת שללו ממנו הקנאים. אז החל כותב בקביעות ב"המגיד", "הצפירה" ו"ג'ואיש כרוניקל" וערך את העתון "שערי ציון". באותו זמן החל מתמסר לחקירת ארץ-ישראל, ענף-מדע, שלפניו עסקו בו רק מלומדים לא-יהודים. פרסם ספר "ואלה תולדות יצחק" (למלאות 80 שנה למדינאי היהודי הצרפתי יצחק כרמיה) ו"נתיבות ציון וירושלים" (מורה דרך בארץ-ישראל, מדעי ושימושי כאחד).
מרוב עיון ושקידה בספרים ובכתיבת רשימות מחקר אבד אור עיניו בתרל"ט, אך אסון זה לא הרפה את רוחו. הוא המשיך בחקירותיו ובכתיבת מסקנותיו בעזרת איש אחר, שכתב מפיו.
למרות עוורונו המשיך בהכנת הכרך הראשון של "ירושלים" (מאסף לחקר א"י), והצליח למשוך את טובי החוקרים העברים בעולם להשתתף בו, וכשנסע לווינה, לדרוש ברופאים, מסרו שם להדפסה בדפוסו של פרץ סמולנסקין . מחמת הקשיים הכרוכים בהוצאת ספר ובהדפסתו במקום מרוחק כל-כך ממקום שבתו של העורך. יסד לו בית-דפוס בירושלים וניהלו כל ימיו, ובו נעשו עבודותדפוס גם לאחרים. במשך שנתיים (1881-2) היה מורה לעברית ותלמוד בביה"ס של כי"ח (אליאנס) ובביתהיתומים מיסודו של ד"ר הרצברג . השתתף ביסוד לשכתבני ברית, ועד הלשון, בית-הספרים "מדרש אברבנאל". ב-1893-4 ערך והוציא יחד עם מנשה מאירוביץ את הירחון "האכר" בעברית ואידית. ב-1896 יסד את הוצאת "לוח ארץ-ישראל" (לוח שימושי-ספרותי) ואוצר ספרות.
א"י. ב-1902 יסד יחד עם ד"ר יצחק קרישבסקי והרב ר' נחום נתנזון את "חנוך עוורים" והיה מנהלו המסור עד מותו. ב-1903 גילה בגנזי הוואטיקאן כתב-יד של תלמוד ירושלמי, שלפניו נחשב בטעות כחלק מקיצור תלמוד בבלי של ר' אלפסי, ובכת"י לה נעזר בכתיבת הביאור וחקר הגירסאות בתלמוד ירושלמי שהוציא לאור (רק 5 מסכתות ראשונות בסדר זרעים).
במשך 40 שנות עוורונו כתב מאות מאמרים בחקר א"י. מקומותיה ואישיה ופרסם בעתונות ובמאספים שלו; גילה ופרסם תעודות עתיקות ; חיבר והדפים את הספרים: ואלה תולדות יצחק (השר יצחק כרמיה); נתיבות ציון וירושלים; מורה דרך בא"י וסוריה, 1891; המושבות. היהודיות בא"י (גרמנית), 1902; בית רוטשילד וירושלים, 1905 ;פלשתינה (מורה דרך באידית), 1907. ערך והוציא