בתקופת כהונתו כרב ראשי לארץ-ישראל הגדיל לעשות בכל ענפי הפעולה שבתפקידו. יסד ישיבה מרכזית עולמית, מתוך קיבוץ תורני בשם "מרכז הרב" והדריך את חניכיה בלימוד התורה, בבירור הלכה ובמדע האמונה. פעל למען חיזוק ארגון הישוב והקהלות והרבנות ולמען בנין הארץ בכל השטחים. השיב מאות תשובות בשאלות הלכה, שנשלחו אליו מארצות רבות. עזר לעלית היהדות התורנית ארצה וביחוד להעלאת רבנים ובני-תורה מרוסיה הסוביטית ולביסוס קיומם בארץ. תמך בהסתדרות הציונית, ב"מזדחי" ובקרנות הלאומיות תוך דרישה והשפעה מתמדת להוקרת קדשי האומה להלכה ולמעשה. השתתף במסע תעמולה באמריקה בתרפ"ד-תרפ"ה למען מוסדות התורה והישוב הישן ולמען הישיבות שבגולה. נסע לביקורי הדרכה בישובים החקלאיים בארץ.
ביחוד עמד בתוקף ובגאון על משמר עניני עם ישראל כלפי הממשלה ופקידיה וכלפי השטנה של נרגני הערבים, וכן בפני ועדת החקירה שבאה אחרי פרעות תרפ"ט ובפני הועדה הבינלאומית בענין הכותל המערבי. בפרעות תרפ"ט דרש בתוקף ממנהל עניני הממשלה שידכא בכח את המהומות, ובראותו שהוא נתקל באזנים אטומות שלח טלגרמות אזעקה לחו"ל. וכשנודע לו שניתנה פקודה מגבוה לעכב את משלוח הטלגרמות, שלח שליח מיוחד בשבת לסוריה, שישלח אותן משם.
כשנרצח הד"ר חיים ארלוזורוב בידי אלמונים ומעשה-שטן הצליח לפלג את עם ישראל והישוב לשני מחנות אויבים, פסח באומץ על הכבוד ההכרחי למשפט הממשלתי וארגן הכרזה בעלת-משקל על נקיון-כפם של הנאשמים היהודים, ולחצו המוסרי התקיף הביא לידי זיכוי הנאשמים.
למרות משרתו הרמה היה חי בתנאים חמריים קשים, ובכל זאת נתן מכספו לעזרת נצרכים אף למעלה מיכלתו. קיבל אזרחות כבוד של העיר תל-אביב ותואר מפקד-כבוד מאת ממשלת בריטניה.
יצירתו הספרותית המקיפה בהלכה ובאגדה, בשירה ובמחשבה כוללת ספרים רבים, חוץ ממאמרים תורניים ועיוניים בעתונים ובקבצים שונים. ספריו (חוץ מהנזגרים למעלה): אדר היקר (רעיונות לתולדות זזותנו), תרס"ה ; ראש מלין (על הסמליות באות העברית), תרעיל; אורות (על התחיה הלאומית), תר"ף; אגרות ראי"ה, תרפ"ג; אורות התשובה, קונטרס מצות ראי"ה, זבחי ראייה - תרפ"ד; סידור ההלכות הפסוקות לפי סדר כל תלמוד בבלי וירושלמי, שאלות ותשובות, פירוש על סידור התפלה, אורות התורה, אורות ישראל, מוסר אביך, עין הי"א (פירוש על עין יעקב ואגדות התלמוד), באר אליהו (לביאור הגר"א על הלכות חושן משפט), סדרות הספרים "אורות הקודש" ו"אורות עולמים" ועוד.
נפטר אחרי מחלת-סרטן ממושכת ביום ג' אלול תרצ"ה בירושלים.
נוסדה אגודה להוצאת ספריו' שבראשה עומדים הרב מאיר ברלין ור' ש. ח. קוק (אחי הרב). עריכת הספרים נעשית על-ידי בנו, הרב צבי יהודה קוק, והחלק המחשבתי-שירי ופילוסופי-קבלי שבהם נערך על-ידי תלמידו המובהק של הרב - הרב דוד הכהן ("הנזיר") וריכוז העבודה למעשה מבוצע על-ידי מזכיר האגודה - ר' יהושע הוטנר .
ביזמת הרב י. ל. הכהן פישמן נוסד על-ידי המרכז העולמי של המזרחי "מוסד הרב קוק" להוצאת ספרות דתית ולסיוע להוצאת ספרות כזו.
עירית תל-אביב קבעה פרס שנתי על שם הרב למחברי ספרים תורניים.
על שמו נקראו "קבוצת אברהם" (מקודם בכפרפינס ומשם עברה לישוב קבע בכפר-עציון), מושב "הפועל המזרחי" כפר הראיה בעמק חפר, רחובות בידושלים, בתל-אביב ובישובים אחרים וחברת גימלותחסדים בשכונת בית-וגן.
בנותיו: פרידה-חנה אשת ישראל רבינוביץ-תאומים, מרים אשת הרב נתן רענן (מנהל ישיבת "מרכז הרב)..
שמעון רוקח
נולד בירושלים, כ"ג סיון תרכ"ג (1863), לאביו ר' יצחק, תלמיד-חכם וסוחר נודע, ממשפחה חסידית אצילה מגליציה, שעלה ארצה בנערותו עם אביו ר' יוסף וכל ביתו בשנת ת"ר, ולאמו מרים בת ר' ישראל בק, חלוץ מלאכת הדפוס בארץ, מבוני הישוב החסידי בירושלים.
למד בחדרים ואח"כ בישיבת "עץ חיים" בהנהלת הרב משה נחמיה כהנוב והצטיין בלימודיו ובנימוסיה כשנפטרה אמו ואביו נשא בזיווג שני את נכדתו הצעירה של הצדיק הגביר ר' משה פיזיצר שעלתה אתו מבריסק, הציע ר' משה לשמעון, בן חתנו, שגם הוא ישא אח'ת מנכדותיו, את רחל בת הסוחר הגדול ר' מנחם (מנכין) שוסטקובסקי מבריסק. הבחור שמעון, והוא אז בשנתו ה-17, נסע לבדו לבריסק והופיע בבית המשפחה בשם אחר בתור סוחר, כדי להכיר