הקפה, מול בנין הקונגרס - קברניטי ההסתדרות הציונית, וכשראו את חיות מתנהל בכבדות ברחבה, אמר ד"ר ליאון מוצקין (יו"ר הועד הפועל הציוני אחרי חיות, שנבחר בהשפעתו של מ. מ. אוסישקין) לחבריו: נדמה לי שעשינו עוול לחיות, על כך אמר ויצמן לשטריקר: היכול אתה לומר, שאני התנהגתי לא כשורה כלפי חיות ? על כך ענה לו שטריקר : אדוני הנשיא אתה לא טיפלת בחיות בכלל...
היתה זאת בשבילו מהלומה מוסרית קשה. שציערה אותו מאד והחישה את סופו. פרשה זו עוררה בשעתה את דעת-הקהל.
עבודתו המסורה לא חשכה ממנו אף אכזבות מעציבות, תקלות ומכשולים אשר יותר משהיו בעוכריו הוא, היו בעוכרינו אני! אולם הטרגדיה הגדולה ביותר בתולדות חייו היתה פרשת הקתדרה לחקר המקרא באוניברסיטה העברית שבירושלים, חלומו-חזונו הנשגב, מרום כסופיו הטהורים ושאיפותיו הלוהטות, להפיץ את דבר היהדות הנצחית מעל הרי-ציון לבני-ציון.
כי עזה היתה תשוקתו הזכה לחזור אל היכל המדע ולהרביץ תורה ודעת לצמאיה, דבר שחיות ראה בו משום תרומה, תרומתו הוא, לערכי הנצח, נפשו היתה חדורה הרגשה ואמונה שבידיעה והכרה עמוקה, כי יש לו מה להשמיע לעולם מעל מצפה היכל תרבותנו, ממכורת ערכינו הנצחיים האוניברסליים.
גדולי הרוח שלנו הביעו דעתם על צורך שיתופו במכון למדעי-היהדות והעמדתו בראש האוניברסיטה העברית בירושלים.
ועל כולם ראויים לציון דברי גאון משוררינו חיים נחמן ביאליק, שכתב בשעתו: "אין אני רואה אפשרות של התעלות מאליו באוניברסיטה בלעדי מציאותה של אישיות חשובה זו, פרופסור חיות , בתוך כתליה של האוניברסיטה" ובאגרת אל חיות, כותב ביאליק בין השאר: "מטרת מכתבי הפעם היא להעיד לפניך עד כמה גדולה שמחת ידידי האוניברסיטה כאן ובתוכם נם חבר הפרופסורים מוקיריך וחושבי שמך בהגיע אליהם הבשורה, כי אכן נקראת סוף סוף לבוא ולשבת כאן במקום הראוי לך.-- הכל מצפים בקוצר רוח לבואך, וכולם מאמינים כי 'במקומך יושיבוך' ואתה תהיה, בלי כל ספק המנהיג הרוחני של המוסד הנעלה הזה, היקר כל כך לכולנו.
סוף סוף התורה היא חלקך, והיא שתגדלך ותרוממך על כל המעשים".
ובאגרת אל חיות מאת פרופיסור דוד ילין, שכתב וחתם אותה בשמו ובשם ביאליק, קוראים אנו "חפצנו האדיר בקידמת המכון למדעי היהדות של המכללה העברית הראשונה בישראל ועל אדמת ישראל, ודעתנו מה תגדל קיימתה בעמדך בראש העובדים בו, - מביאים אותנו לפנות אליך. ---כי לפועל תהיה אתה מנהלו הרוחני ומהודך תאציל על סדורו ושכלולו ופתוחו במדרגה שהננו חפצים לראות בה.
- - - ולא תתן את ירושלים עיר קדשנו לקרוא לוינה: 'בעלי שרוי בתוכך ואני יושבת שוממה'. זכור נא, ידידנו: המכון למדעי היהדות הוא כבר עובדה. יש בו צעירים רבים אשר נפשם חשקה בתורה, והמכון מחויב למלא תפקידו, ומי שמוכשר לתת לו את הדחיפה קדימה, חובה לאומית עליו לבוא ולהצעידהו בכוון זה. ואתה, ידידינו, אשר לבך ונשמתך למוסד זה, - עד מתי לא תתן לנשמתך זו את תקונה האמתי? קומה, ידידנו, ודמה לך לצבי (כשמך), ובראשית שנת הלמודים הבאה נראך מכהן פאר בירושלים באותו היכל המדע, המחכה לכהן הגדול.
ידידיך בכל לב המשתוקקים לראותך בקרוב על כנך המיועד לך".
אך כוחות אפלים, מלומדי תככים, שלחמו מלחמת גמדים בענק, פעלו במלוא השפעתם, מתוך קטנות-מוחין וצרות-עין, והתנכלו לסכל ולהכשיל את השגת המטרה הנכספת הזאת, בהתעטפם באיצטלא של קנאות למסורת ושמירתה, כביכול, מפני חקירת המקרא על טהרת המדע.
וזה בניגוד גמור להשקפת גדולינו, ובראשם ביאליק , אשר טען, כי: "הוצאת התנ"ך מכתלי המכון למדעי היהדות היא גזירה, שאין המציאות יכולה לעמוד בה ולהשלים עמה".
אמונה בנצחון הטהרה ושמירתה מפני כל דופי וטשטוש דמותה, - זו היתה תביעתו המוסרית של חיות , תביעת אדם בעולם, - כדברו:"לעולם אי אתה יכול לתקן מעשה-עוולה. יכול אתה רק להשכיחו מלב . כשם שלעולם אין להשיב לתיקונם את אשר עוללו לנו סבלות הרעב והפורענויות, שהמלחמה המיטה עלינו".
וכצוואת-עד, לשעה ולדורות, יהיו נשמעים תמיד לכל מי שאזנים לו לשמוע, דברי חיות הנוקבים והחודרים כליות ולב, בגמר נאום מקיף ויסודי על תפקירי הציבור היהודי ומנהיגיו: "לא העת עתה לדברים נאים סתם, הנאמרים רק לשם תפארת המליצה והתהדרות אומרם.
ידוע תדעו, שמוקש האשליה טמון בהם.-- ראשית חובתכם היא לחשוב ולהגות בדבר תפקידי היהדות. שאם נאום דיו לשכנע אתכם, הרי אין הדבר כדאי. שאם כן נטולי-מחשבה אתם.
אין לכם הזכות לרצות בחותם יהודי מתוך איזה רפיון או יראת-כבוד סתם תמה אני עליכם, כיצד מוכנים אתם לשאת בכל סבלות היהדות, בעוד אין היא נחשבת בעיניכם אלא כדבר שבירושה, שאינו מעלה ואינו מוריד. כל אדם חסר-ערך הוא כליל, שעה שאינו מהרהר, אף אם ירבה נדבות כהנה וכהנה מתוך רפיון.