לא היה הדבר פוגע בי, אילו לא הייתי משכנע אתכם. אך מאד מאד הייתי נפגע, אילו לא עלה בידי להביא אותכם לידי מחשבה.
חיות נפטר מיתה חטופה בכ' בכסלו תרפ"ח (13.12.1927) בווינה. המוני אנשים מכל שדרות העם, שרי הממשלה, באי-כח הכנסיה הקתולית ונציגים אחרים צעדו אחרי מיטתו. לבית הכנסת, שאליו הובא הארון, בא גם נשיא הרפובליקה האוסטרית ד"ר מיכאל הייניש וראש הממשלה ד"ר שובר ועוד.
עצמותיו (גם מצבתו הגדולה) הועלו לארץישראל ע"י יוצאי וינה בישראל, והובאו למנוחת עולמים בי"א בכסלו תשי"א (20.11.1950) בבית הקברות הישן (רחוב טרומפלדור) בתל-אביב, בחלקה שבה טמונים גדולי הרוח בישראל.
בהלויה בת"א השתתפו גם כל האדמו"רים "שומרי הגחלת" שבציון.
דבריו שבעל-פה לוקטו ע"י ד"ר משה רוזנפלד מוינה, בשני ספרים; "הירש פרץ חיות" - נאומים והרצאות: "ה.פ. חיות" - חייו ופעלו, ונאומים של שבת וחג מתוך הזכרון שנרשמו ע"י רוזנפלד, טראו, לוין ועוד (1933).
שני הספרים הנ"ל תורגמו ע"י י.ל. לוין לעברית שהוסיף את החומר שפורסם בסטנסיל ב1935 בשם "התקופה ההרואית", ופורסמו בספר כולל בעברית בשם "צבי פרץ חיות" בהוצאת בית המדרש למורים באוניברסיטת בוסטון (1953), וכן ספר זכרון בהוצאת "מוסד אלכסנדר קאהוט" ניו-יורק. נדפס בוינה.
כן הופיע ב-1946 ספר "אדם בעולם" צבי פרץ חיות" (הוצאת נ. טברסקי) מוקדש לאישיותו ולפעלו מאת קונו טראו ומיכאל קריין. ב-1962 יצא לאור הספר "בסוד עמי" (הוצאת הספריה הציונית. ירושלים, בעריכת שמשון מלצר ובתרגומם של ירוחם טולקס ומנחם חרטום. בראש הספר מסה על פרופ' חיות מאת דב סדן, הספר מכיל חלק מנאומיו, הרצאותיו ומאמריו).
פרופ' מ. ד. קאסוטו (תלמידו המובהק של חיות) הגדיר את נחיצות חקר המקרא, לפי השיטה המדעית הבקרתית, שחיות דגל בה:"חיות זכה להיות אחד המעטים, שהעפילו לגשת לחקר המקרא, ואף ידע לסלול דרכים חדשים למדעי היהדות.-- הבנתנו והערצתנו למקרא, לא רק שאינן עשויות להגרע בשום פנים על ידי החקירה, ששיטות היסטוריות ודרכי חקר מקובלות, המונחות מעל ומחוץ לתחום כל פרשנות מאוחרת יותר, משמשות נר לרגליה : אדרבא, הפשט המקורי, שסופרי פרשיות המקרא רצו לשוות להן, יוכל להוסיף כח רק עקב תוצאות החקירה הזאת, אשר ככל שהן מרבות להוביל אותנו לקרבת אותן האמתות, שאליהן התכוונו, כן מוסיפות הן לקרב אותנו להכרת הרעיון המקורי והעצמי של חכמי ישראל הקדמונים. ידיעה מובהקת וישירה זו היתה המטרה, שאליה הוליכו המפעלות הנועזות של צבי פרץ דיות בחקירת המקרא שלו".
בדברים קולעים לאמת מתאר זלמן רובשוב (כיום: שזר , נשיאה השלישי של מדינת ישראל שהיה אחד המרצים בפדגוגיון של חיות בוינה) את כמיהתו של חיות לגאולה למקצועו: "הבנת התנ"ך לאמתו וחדירה נכונה לעולם חייו ורעיונותיו ראה כראש פנה לתרבות עברית קמה לתחיה. את הפחד בפני המחקר ביצירתהמופת ראה כעלבון צורב ואות שעבוד רוחני לעם גולה. ולעומת זה ידע כי גם ההתבטלות בפני מסקנות חוץ סימן לואי לכך הוא. על כן קוה לגדולות ממחקר המקרא המדעי העתיד להיות נתון מראש הר הצופים, במרכז העם השב לעצמאותו. פה צריך יהיה להגלות גם האון הרוחני של דור-חותר וגם האינדיבידואליות של עם בבית, גם החופש של השכל המנתח וגם השרשיות של החוש והטעם.
ועל כן כה מרה היתה שיחתו על תקותו זאת שהיתה לאל. לא פלל הוא, שיקומו לשמור על כבוד התנ"ך מפניו ולא האמין כי כה תרכין את ראשה הציונות בראשית צעדיה למכון תקותה. לא את עלבונו בלבד, את עלבונה של תורה ראה בכך, את עלבונו של עם צועד לקראת תחיתו, שבעצם אביב תקומתו הוא בוחר להאפיל על פסגת יצירתו מתוך פחד בפני שכלו''. וכך כתב הרב ד"ר סטיפן וייז בארצות הברית.
"מרובים הם המלומדים ביהדות, מנהיגים. בישראל קמים מדור לדור: אבל חיות יחיד היה, יחיד ומיוחד.
כאיש-מדע ידע את עברו של עם ישראל בכל היסודיות.
כמנהיג שירת את ההווה של עם ישראל בכל להט-רוחו. וכאחד הנביאים, בחסד חזונו ומסירות נפשו, הקריב את חייו למען עתידו של עם ישראל".
על אף קרבנותיו העצומים, כשרונותיו הגאוניים, ידיעותיו המפליאות והתמכרותו למען חינוך היהודי הצעיר, המתנער לתחייה על קרקע עברו ומולדת תורת אבותיו, חזון נביאיו, שלטון שופטיו ומליכו מקדשיו, מושב בתי מדרשיו וכנסיותיו - "תלמוד חכמי הלכות החיים ומסורת קבלת המסתורין, - הפיקו את זממם מתי-מספר, מהנחשלים והחשוכים שבקרב מחננו, והתנקשו בטוהר שאיפותיו, להפיץ את דבר היהדות הצרופה מציון, להאדרתה ולחידושה כקדם.
נציג-אמת זה של הרעיון הציוני בכל מלואו והיקפו העולמי, כמאמר פרופ' חיים ווייצמן , - לו חייבים אנו תודה על כך, שהמדע היהודי חזר לאכסניה שלו בירושלים, משלים חברו נחום סוקולוב. ואף הוא קורא, כי זאת היא הטרגדיה הגדולה של דורנו, שלא זכינו לראותו במקום הראוי לו.