מספרים, שהרב והחוקר, ד"ר אהרן ילינק , אמר לו: "חולה אתה. המאורעות האיומים עשו עליך רושם מדכא ופעלו על רוחך. עצתי, שתפנה אל רופא למחלת-העצבים...". משהו דומה הגנו קוראים ביומנו של ד"ר הרצל : "ביקשתי אחד מידידי הותיקים והמסורים, שיקרא את כתב-היד (הכוונה ל"יודענשטאאט" - "מדינת היהודים"). בעוד הוא קורא בו, הוא פרץ לפתע בבכי. בעיני היתה התרגשות זו טבעית מאד, הן גם אני בכיתי, לא אחת, אגב כתיבה, אולם, לתדהמתי, נתן הוא הסבר אחר לדמעותיו כי סבור היה, שנטרפה עלי דעתי..."ד"ר ילינק אף יצא בסידרת מאמרים בשבועון הוינאי הגרמני "די נויצייט", עתון היהודים "גרמגים בני דת משה", נגד תכניתו "המוזרה" של פינסקר, שפירסם (1882) בגרמנית ובעילום-שם את מחברתו "אבטואמנציפאציה " ("קול קורא אל בני-עמו מאת יהודי רוסיה. אם אני לי מי לי, ואם לא עכשיו אימתי ?"), הפותחת דף חדש בתולדות עם ישראל והבשילה את רעיון תנועת התחיה הלאומית, אם-כי לא קבע את ארץ ישראל כארץ בלעדית לישראל, בכותבו: ארץ, אשר לנו תהיה לעולם, ואדונים זרים לא יוכלו לגרשנו מעליה. אפשר, אמנם, שארץ-קדשנו תוכל להיות גם לארצנו. אם כה יהיה - מה טוב! ב"אבטואמנציפאציה" הוא ניתח את מצבו העגום של היהודי הזר לעולם בכל מקום, את הטרגדיה של ישראל, מהות הגולה, הגורמים לשנאת ישראל הנצחית. "בעיני החיים-היהודי חשוב כמת; בעיני האזרחים הוא גר ; בעיני התושבים - נע-ונד ; בעיני העשירים - קבצן ; בעיני העניים - עשיר מנצל ; בעיני הפאטריוט - חסר ארץ מולדת, ובעיני כל - מתחרה שנוא...".
הסיק, כי אין תקנה לנו, אלא בריכוז לאומיטריטוריאלי: "התרופה הנכונה והיחידה היא יצירתה של אומה יהודית, של עם שרוי על אדמתו, השתהררותם העצמית של היחידים, שיווי מעמדם כאומה בין האומות על-ידי רכישת ארץ מולדת להם".
בראותו בעיני-רוחו את השואה העתידה לבוא על ישראל בגולה, הוא מתרה ביהודי גרמניה, משם זנקה חית-הטרף הנאצית: יבוא יום, וההיסטוריה תתנקם בכם על בגידתכם בעמכם... גם כי תרבו אותותיכם כי פאטריוטים נאמנים אתם, יזכירו לכם בכל זאת, כי מגזע שם מוצאכם... וביום בהיר אחד ישליכוכם מעבר לגבול, יזכירכם ההמון הגס, המטיל ספק בכשרותכם, כי באמת אינכם אלא ארחי-פרחי, מלחכי-פינכא, אשר לא בשבילכם החוקים כתובים... (ההדגשה מאת כותב הערך - מ.ה.).
רושם הקונטרס, שתורגם לאחר-מכן לעברית בידי ש. ל. ציטרון, פ. פרנקל (הוא הסופר "ברטוביה"), אחד-העם , ולשפת יידיש בידי מנדלי מוכר ספרים , היה כביר; ההדים - חיוביים ושליליים. ד"ר ילינק לודוויג פיליפסון (מלומד יהודי-גרמני, תירגם את התנ"ך לגרמנית בצירוף פירוש) ואחרים קטלו את החוברת, ואף העתון העברי "הצפירה" ביטל את רעיונו של פינסקר ולגלג עליו. לעומת זאת הביע המשורר יהודה לייב גורדון ב"המליץ" את הכרתו המלאה לבעל "אבטואמנציפאציה", אולם התייחס בספק באפשרות של הגשמת הרעיון, כי, לדעתו, עם ישראל אינו מוכשר עדיין לכך. פרץ סמולנסקין בעתונו "השחר" חייב את החוברת, והעתון "המגיד", שבראשו עמד הפובליציסט הנודע ומחבר הספר "דרכי-רפואה" (מאמרים פופולאריים בתורת-הבריאות), דוד גורדון , הביע לחוברת אהבה רבה. חובבי-ציון ברוסיה והעתונות הרוסית-היהודית קיבלו את הקונטרס בהתלהבות.
בשנת תרמ''ג (1883) נועדו באודיסה פינסקר, פרופסור צבי שפירא , פרופסור מאכס מאנדלשטאם, משה לייב ליליינבלום ואחרים והחליטו לייסד "ועד מנהל מרכזי", שתכליתו לכונן "מרכז ישובי, אם אפשר יהיה בארץ ישראל, לאותם מעניי אחינו בכל הארצות, אשר כוח בידיהם לעבודה, אבל לא ימצאו עבודה בארץ מולדתם" (מובאה מתוך "מגילתזיכרון" לקביעת העקרונות של אגודת חובבי-ציון באודיסה). כך נוצרה באודיסה (ג' בתשרי, תרמ"ד) אגודת חובבי-ציון, בשם "זרובבל", שפינסקר עמד בראשה וליליינבלום כיהן כמזכירה.
בי"ח במרחשון תרמ"ה (בסוף 1884) נועדה בעיר קאטוביץ (גרמניה דאז, לאחר מלחמת העולם השניה נספחה לפולין) הועידה הכללית חובבי-ציון, בהשתתפות 35 באי-כוח של אגודות שונות. בועידה, בה היה פינסקר הרוח החיה בכל דיוניה והחלטותיה, נבחר הוא לראש ההנהגה. בועידה, שעוררה הד אדיר בעולם היהודי, נוסדה ההסתדרות הציונית, בשם "אגודת משה מונטיפיורי לחיזוק האדמה בארץ ישראל". השם הזה ניתן מטעמים טכסיסיים, כי מסוכן היה להקים ברוסיה הסתדרות ציונית בעלת צביון פוליטי, ובאופן כזה הוסוותה כאגודה של צדקה וסעד.
החל מיד בהגשמת החלטות הועידה, אם-כי לא מעט קשיים נערמו בדרכו, אך הצליח למשוך לרעיון הציוני אישים חשובים ולעורר את יהודי רוסיה, שתרמו בנפש חפצה וביד נדיבה למען ארץ ישראל סכומי-כסף ניכרים, אשר הועברו למושבות בארץ, ובכך הוחשה עזרה לאכרים.
לא עברו ימים ונתגלעו סכסוכים וחכוכים בין הדתיים "והחפשיים" בתוך המחנה, שהביאו לידי החלשת הפעולה והקטנת ההכנסות. לבירור ענינים הזמין פינסקר את האגודות לועידיה במקום-המרפא דרוזגניק (תמוז תרמ"ז), ולמרות הניגודים שבלטו בועידה, נתקבלו למען הענין המשותף החלטות לחיזוק האגודות והבראתן. מבין החרדים נבחרו בועידה "גבאים יועצים" לצדו של פינסקר, והשם "אגודת מונטיפיורי" שאינו הולם עוד את התנועה הלאומית, הוחלף לשם "חובבי-ציון".
ברם, "מלחמת אחים" הלכה וגברה ובמכתב להנהגה מיום י' בתמוז תרמ"ט, התפטר לחלוטין מתפקידו, מתוך טעמי בריאות הרופפת. חובבי-ציון