ז'בוטינסקי (ראה כרך שמיני) ויעקבסון, אשר סיפקלדעת-הקהל התורכית אינפורמציה על הציונות.
העדיף עבודה דיפלומטית מעל פעולה מעשית בארץ ישראל, אם-כי החשיבה לא במעט. בימי כהונתו הוקם ביפו (1908) המשרד הארצישראלי, בהנהלתו של ד"ר ארטור רופין (ראה כרך ששי), אבי ההתישבות העובדת בא"י, ואוטו וארבורג (נשיאה השלישי של ההסתדרות הציונית העולמית, 1911-20), מ"הציונים המעשיים", שרצו בהתישבות גדולה בארץ, הועמד בראש המשרד הארצישראלי בברלין.
גם הבנק הציוני התרחב במידה ניכרת. נוסדו סניפים חדשים ומחלקה מיוחדת למתן אשראי לאגודות שיתופיות של המתישבים, וכך הפך הבנק למוסד כספי חשוב בשביל מפעל-ההתישבות בארץ.
היה מידידי הפועל העברי בארץ. כאשר ציוני גרמניה יסדו קרן לכבודו, הציע שכספי קרן זו יהיו מיועדים להקמת בתים לפועלים במושבות בארץ, בראותו בפועל העברי את היסוד החשוב ביותר בבנין המולדת. הוא שאמר: הפועל העברי הנה הראשון והזכאי לקבל תמיכה, כי בלעדיו יעמוד כל בניננו על בלימה.
הציונות המדינית, שאותה ביכר מציונות המעשית, הביאה אותו לידי התנגשויות קשות ומרות עם מתנגדיו, אשר דרשו עבודה קונסטרוקטיבית, פעולה כלכלית והתישבותית ותרבותית ממשית בארץ. על רקע זה פרצה בקונגרס התשיעי (המבורג 1909) מרידה חריפה במנהיגותו. יריביו לא תמיד נהגו כבוד באישיותו ואף פגעו בו. האופוזיציה האשימה אותו בחוסר כשרון-מנהיגות, בחוסר השכלה אקדמאית וחזון פוליטי. בנאומו המרשים בקונגרס אמר: "מאשימים אותי בשצף קצף בכל אשמה שבעולם. האחד תובע ממני, שאהיה נשר, השני תובע ממני, שאהיה אריה, במילה אחת: הם דורשים, שאהיה הרצל". בהמשך דבריו ענה בתבונה ובהצלחה לכל נואם לחוד והשיב על כל ההאשמות נגדו. הנחיל לאופוזיציה תבוסה, בהבחרו מחדש לנשיא. ברגש של גאווה הודיע לקונגרס, כי המשרד הראשי נקי מכל חובות, וזוהי הפעם הראשונה בתולדות התנועה. הואיל וסוקולוב הצטרף לאופוזיציה. נתמנה כמזכיר כללי זיגפריד הופיין (ראה כרך ג') ולעוזרו מארטין רוזנבליט. בינתיים פרץ משבר פנימי חדש, והפעם בגלל ספרו של יעקובוס כהן , חברו של וולפסון להנהגה. על כך מספר דוד בן-גוריון במאמרו "אבי המדינה היהודית" ("דבר", 19.5.64): "כשיעקובוס כהן, חבר הועד הפועל הציוני המצומצם, פירסם בשנת 1909 ספר על רשמי נסיעתו בא"י, בשנת 1907, בשם "ארץ ישראל היהודית", ודרש בספר לכונן בארץ ממשלה יהודית אבטונומית בחסותו של השולטן העותומאני, וגם קבע גבולות המדינה - יצא ז'בוטינסקי, שהיה אז שליחו של וולפסון בקושטא, במחאה חריפה נגד יעקובוס כהן , באשר ספר זה מסכן את ההישגים המדיניים בתורכיה. - - הוא דרש מנשיא ההסתדרות הציונית למחוק מתוך המהדורה הצרפתית של הספר את הפרק על "השאיפות הציוניות" ולהכריז בפומבי, כי השקפותיו של יעקובוס כהן אינן השקפותיה של הסתדרות הציונית. כאשר וולפסון סירב לעשות זאת, שלח אליו ז'בוטינסקי בעצמו מכתב חריף, שספרו של יעקובוס כהן מסכן כל הפעולה המדינית וגם מעמדם של היהודים בתורכיה. לאחר שוולפסון עמד על דעתו ולא התחשב עם תביעות ז'בוטינסקי וגם נזף בו - נאלץ ז'בוטינסקי להתפטר ממשרתו".
המחלוקת בינו ולבין המשרד בקושטא העמיקה את הקרע בינו ולבין המנהיגים של ציוני רוסיה, שראו בעמדתו הוכחה ל"שיטות אוטקראטיות" (שליטת יחיד). הוא לא נרתע מהחתירות תחתיו וממשיך בפעולתו. ביקר באוסטריה, אונגריה, אנגליה וגאליציה. בכל מקום הופיע באסיפות, בעשותו חשבון מקיף עם אנשי האופוזיציה. השתתף בועידת ציוני גאליציה בלבוב (מארס 1910) ונתקבל בהתלהבות כיאות למנהיג. הופעתו בועידה זו היתה לאחד מנצחונותיו.
בועידה השנתית של ההסתדרות הציונית בברלין (יוני 1910) בהשתתפותו השיגה האופוזיציה את נצחונה, כשהוסכם להציע לקונגרס העשירי את העברת המשרד המרכזי מקלן לברלין ומינוי שלשה חברים, שישתפו פעולה עם וולפסון בענינים חשובים בעלי אופי כללי. בהחלטה זו ראה הטלת פיקוח עליו. בדרכו חזרה מהועידה קיבל התקפת-לב קשה.
השתתף בועידת ציוני גרמגיה בפרנקפורט ע"נ מיין (ספטמבר 1910) ואז נראה היה לכל, שהוא חולה רציני. החליט להשתקע בא"י, שם רכש לו אחוזת-קרקע.
בקונגרס העשירי (בזל 1911), בהתגבר האופוזיציה נגדו ומתוך רצון למנוע "מלחמת אחים", הופיע מיד בנאום-הפתיחה על החלטתו להתפטר מהנשיאות ולפרוש מכל פעילות פוליטית, בנומקו את הסתלקותו מטעמי בריאות רופפת ולפי עצת לרופאים. הקונגרס קיבל את התפטרותו והודה לו פה אחד, "כי לא רק שידע לשמר על ירושתו הגדולה של הרצל, אלא אף הצליח להגדילה".
מנחם מנדל אוסישקין (ראה כרך ה'), ממתנגדיו החריפים ביותר, נפרד ממנו: "חפץ אני להפרד מגיבור הקונגרס הזה, מדוד וולפסון. גיבור הוא על-פי מאמר חז"ל: "איזה גיבור - הכובש את יצרו". וולפסון הבין, כי לטובת התנועה עליו לעזב את ההנהגה, אף על פי, שהיה יכול להשאר נשיא, אם היה חפץ בכך, הוא הלך מפני, שירושתו של הרצל יקרה לו".
יש עוד לציין, שבשנות כהונתו כנשיא קמה העליה השניה לא"י, הוקמו הגימנסיה "הרצליה" בתל-אביב ובית-הספר לאמנות "בצלאל" בירושלים,