אחת, ולכן, הקימו את המסגרת הנבדלת, את ההגנה הלאומית, שבראשה עמד זאב ז'בוטינסקי. בכ''ז ניסן תרצ"ו (19.4.1936) כשפרצו שוב מהומות נגד היהודים, חשבו מנהיגי הישוב, כי אך התפרצות רגעית היא, אשר חשוך אם לא ילבוה, ועל כן ניתן הצו "להבליג"- ההגנה הלאומית פעלה אז בשיתוף עם ההגנה הכללית וקיבלה עליה זמנית את מרות ההנהגה חישובית - והבליגו? יחד עם חברי ה"כללית". אך הוא וכמה מחבריו התקוממו נגד עמדה זו.
לפי דעתו היתד, ההתגוננות באב תרפ"ט מלחמת גבורה לעומת השכיבה בעמדות בשנות תרצ"ותרצ"ז, ואשר על כן דרש להפרד מהמסגרת הבללית, לפעול באופן עצמאי ולעבור להתקפה, ורבים בין החברים נטו אליו. כשביקר בארץ, בתרצ"ז, הקולונל ג'ון הגרי פטרסון (שנלחם עם הגדודים העברים במלחמת-העולם הראשונה והיה ידידו של ז'בוטינסקי וידידם של כמה אישים מראשי האירגון הכללי, חייל- הגדודים ההם), דרש משני חלקי ההגנה להתאחד למול האויב החיצון. חלק מחברי ההגנה הלאומית וממפקדיה החשובים, נתפסו לסיסמת האיחוד, ביחוד שניטשטשו הגבולות, לאור הבלגה הכללית, וביחוד - לאחר שניתנה להם ההבטחה, כי הם יוכלו לפעול כחטיבה מיוחדת בתוך ההגנה הכללית. אך יאיר, שהיה אז ראש קבוצה ואיש המשמעת למופת, הפר את פקודת מפקדיו, כי אמונתו היתה, שיש לשבור את שיטת ה"הבלגה" וזה לא יעשה בתוך הגוף, שההבלגה היא לו תורה. כל זמן שקיים אירגון עצמאי, שהנחותיו האידיאולוגיות הן נכונות לפי השקפותיו, יש תקוה להפוך את האידיאולוגיה למעשה. יאיר ביקר בסניפי האירגון בעיר ובמושבה, במסדרים, נאם, הוכיח ושכנע נגד ההבלגה והצליח לרכז סביבו תומכים לרעיונות העצמאיים ולמסגרת העצמאית.
"ההגנה הלאומית" שנתה את שמה ל"ארגון צבאי לאומי בארץ-ישראל" (בהתחלת 1937). בראש האירגון עמד אז המפקד דוד רזיאל ועוזריו מהכוחות הצעירים. יאיר היה הרוח החיה שבהם, האידיאולוג, הרחיב את האפקים וקיבל על עצמו לקשור קשרים עם גורמי חוץ, להוציא את האירגון מן המסגרת הצרה של קבוצה קונספירטיבית, שאין העולם יודע על קיומה ולהפכה לגורם פוליטי עצמאי, אולם תכניותיו היו טעונות אישור מצד הגורם העליון זאב ז'בוטינסקי. תאי האירגון הצבאי הלאומי בא"י קמו גם בפולין, ולרשותם עמדו שני עתונים "די טאט" היומי באידית ו- Jerozoluma Wyzwolona השבועי בפולנית.
האירגון הפר את מסורת ה"הבלגה'', אנשיו השיבו לערבים כגמולם, טמנו להם פצצות ומוקשים והפילו מהם פורעים רבים, אז נזכר השלטון בחובת,לשמירת "חוק וסדר", ובאשר לא השיגה ידו את פעילי האירגון, לקח למאסר עשרות ריביזיוניסטים בטענה שהמפלגה היא-היא בעלת האירגון הצבאי הלאומי, אף כי למעשה לא היתה לה שליטה עליו. המפלגה דרשה לברר את הענין ולהגדיר את הסמכויות והאחריות, ובבירור שנערך בראשית 1939 בפאריס בין נציגי המפלגה ובין נציגי האירגון ובראשותו של ז'בוטינסקי נתקבלה הפשרה : מסירת חלק מן ההשפעה במפלגה לאירגון, תמורת השתלטות המפלגה על האירגון.
בזמן הדיון הזה היה יאיר בוארשה, וכשהגיעה אליו הידיעה על ההסכם שהושג, בירר עם אנשיי את היחס להסכם ומשקיבלו את דעתו שהנאמנות לרעיון ולמטרה קודמת לנאמנות לראש המפלגה, נתן הוראות להמשיך בגיוס אנשים לתאים החשאיים ודרש להקדיש תשומת לב יתירה לנוער שמחוץ למפלגה הריביזיוניסטית, והוא המשיך בפעולתו העצמאית ; פעולה מדינית ותעמולה ואירגון חוגי ידידים אף בתוך היהדות המתבוללת, שהיתה רחוקה עד כה מן הלאומיות, והבנת אנשים והכשרתם לפעולות מחתרת, כדי שעם ישראל בתביעתו ובמלחמתו למולדת ולעצמאות יופיע כגורם על במת המדיניות העולמית.
בסוף טבת תרצ"ח (בראשית 1938) נפגש עם ז'בוטינסקי באחת מבירות אירופה והחליפו ביניהם את ההשקפות על הדרכים להשגת המטרה הציונית, אך לא יכלו להגיע לכלל דעה אחת. לעומת דרישת ז'בוטינסקי לשילוב שאיפות העם העברי במסגרת המדיניות הבריטית, מתוך אמונה שבפעולה כללישראלית נמרצת אפשר יהיה לשנותה לטובתנו ("פטיציה" בחתימת רבבות יהודים מכל הארצות בדרישה ללגיון עברי תחת פיקוד בריטי עליון, ל"משטר קולוניזטורי", שבעזרת השלטון הבריטי יצור בארץ רוב עברי להכנת מלכות ישראל) דרש יאיר לנהל פעולת-שחרור עצמאית בנשק ובדיפלומטיה כאחד.
משלא קיבל ז'בוטינסקי את השקפותיו והצעותיו ניגש לפעולה מבלי להרתע מפני קרע מהמפלגה ומהאירגון שעד אז הלך אתם יחד, ולא נרתע מל