אברהים פחה, ושרידי הטבח והשוד נמלטו אל ההרים והכפרים וגם ר' ישראל נמלט עם בני-ביתו לעין זיתים, ולמרות המשמרות שהעמידו המורדים בדרכים עלה בידי להודיע בידי רץ למושל ולקונסולים בבירות על השואה המשתוללת בצפת ואז נשלח צבא רב ושם קץ ל"ביזה" ולהפקדות אחרי 33 יום. אחרי שקוט הארץ תיקן ר' ישראל ב"ק את בית דפוסו ואז מסר לו את הספר "פאת השלחן" והדפסתו נגמרה בשנת תקצ"ו.
בעשרה בטבת תקצ"ז נסע רבי ישראל ירושלימה בפקודת הועד האמסטרדמי למען הישוב ("הפקידים והאמרכלים דארה"ק באמשטרדם") לגמול את קנית החצר למרכז ובית- מדרש לעדת הפרושים (היא "החצר" שמילאה תפקיד בריב הגדול בעדת הפרושים בירושלים בין סיעת "החצר", שתמכה בהקמת מרכז העדה בחצר זו, ובין סיעת "החורבה", שדרשה פעולה מאומצת לגאולת "החורבה של רבי יהודה חסיד" כדי להקים בה את מרכז העדה ובית-מדרשה) ולבנות בה את בית-המדרש "סוכת שלום". (בית-המדרש הראשון שהוקם אח"כ בשטח "החורבה" אחרי גאולתה נקרא "מנחם ציון"). באותו הזמן נסעו אשתו ובני-ביתו להתרחץ בחמי טבריה. והנה הגיעתו הבשורה הרעה על הרעש שהחריב את צפת ביום כ"ד טבת (1.1.1837) ויהודים למאות נספו תחת המפולת. מיד לקח בהלואה מעשירי הספרדים 12 אלף גרוש ושלח את חתנו רבי ישעיה ברדקי ואת רבי אריה נאמן העדה ועוד עשרים איש לעזרה ולהצלה ולגמול חסד עם החיים ועם המתים. חיבר קינה שהקריא בהספד שערכו ראשי הספרדים בבית-הכנסת ע"ש רבן יוחנן בן זכאי והריץ מכתבים לועד האמסטרדמי ולכל הרבנים והגבאים הפעילים בארצות הגולה למען הישוב בארה"ק ודרש עזרה, שאמנם באה ביד נדיבה. (על יסוד מכתבו ערך גם ה"חתם סופר''' מוקירו מרחוק, הספר בפרסבורג על הרוגי צפת ועורר את יהודי הונגריה לעזרה נדיבה לנשארים, ואח"כ אמר, שיהודי צפת נענשו משום שהזניחו את ירושלים). אחרי האסון התישב ר' ישראל עם משפחתו בירושלים והיה רבה ומנהיגה של העדה ושקד על טובתה בחומר וברוח. גם ראשי הערבים כיבדוהו מאוד, וכפי שנשמר במסורת המשפחה עלה בידו באורח פלא להציל את העדה מרעב ולספק לה לאפית מצות בשנת בצורת חטים שקיבל בהקפה מבידואים שהופיעו לפתע לפני ביתו עם גמליהם הטעונים חטים, בה בשעה שישב ודאג מאין ישיג את ההלואה לספק אוכל לעדתו. הבידואים הסכימו למכור לו את מטענם בהקפה, על סמך פתקא שקיבלו ממנו על החוב, ואח"כ לא באו לגבות את החוב לא בימיו ולא בימי הנהגת חתנו ר' ישעיה.
בראשית קיץ תקצ"ט נסע לטבריה ושם נפל למשכב ונפטר ונקבר ביום ט' סיון תקצ"ט, וחתנו ר' ישעיה ברדקי, שעזר לו לעת זקנתו בהנהגת העדה ירש את מקומו אחריו.
מלבד הספר "תקלין חדתין" ו"פאת השלחן" נשארו ואחריו בכתב-יד קונטרס "מנוחה ונחלה" (בעד ביטול "תקנת העזבונות" שהיתה נהוגה בעדה הספרדית מימים קדמונים, שהעדה "יורשת את רכושו של כל נפטר שאין אתו בנים בירושלים); "ספר זכרון" על מסכת אבות ; חידושים על אגדות הש"ס; דרושים שונים; חידושים על הש"ס בהלכה; "זכר רב". סידר את באור הגר"א על שולחן ערוך "אורת חיים" וחלק מיורה-דעה וכן את פירוש הגר"א לספר "יצירה" יחד עם הרב מנחם מנדל משקלוב בירושלים וחיבר אתי הלקוטים שהוסיף הגר"א במהדורות האחרונות ; שני הספדים על הרוגי צפת שדרש בבית הכנסת ''קהל ציון" של הספרדים וביהכ"נ "סכת שלום" להאשכנזים בירושלים.
בתרצ"ט, לתקופת מאה שנה לפטירתו, הוציא לאור פנחס גרייבסקי את פרשת חייו ופעולותיו בשם "תפארת ישראל בא"י".
השאיר אחריו שתי בנות: שיינדל וברכה . צאצאי שיינדל אשת הרב ישעיהו ברדקי:דינה אשת הרב אללהו בכור חזן, נכד הרב הראשון לציון בירושלים חיים דוד חזן (ח"ד בדרא), רב וראש ישיבה בטריפולי ואח"כ ראב"ד ור"מ באלכסנדריה, יו"ר ופעיל בכנסית הרבנים בקרקוב תרס"ג. חנה אשת נתנאל לוריה, סופר ומזכיר של כולל רייסין, סוכן ונאמן בבית החולים "בקור חולים הוספיטאל".
אלקה אשת הרב נתן נטע נטקין ת"ח ושד"ר למען המוסדות הא"י מארצות הברית. שמואל עקיבא (במצרים).
שלמה , ש"ץ ראשי בביהכ"נ של "החורבה", חתן הרב הראשי, ר' שמואל סלאנט.
צאצאי ברכה אשת משה יוסף גרובר (שעלה מקוסוב פלך גרודנה, מופלג בתורה): דוד , חלבן בירושלים שהתפרנס ממכירת חלב ותוצרתו וגם ממלאכת מכבש הדפוס בדפוס ישראל ב"ק ; מנחם מנדל (ע"ש הרב מנחם מנדל משקלוב, חלוץ הפרושים לא"י. ממניחי יסודות ישוב החדש של האשכנזים הפרושים בא"י), המכונה "ווקאף" עסק בבנין השכונות הראשונות בירושלים אשר מחוץ לחומה, היה המפקח על עובדי הבנינים ודאג להמצאת חמרי הבנין הנחוצים. גם בנין מושב הזקנים לאשכנזים בירושלים נבנה עלי ידו. במשך 60 שנה לא יצא מתחומה של ירושלים, נפטר בשנת תרע"ד. השאיר אחריו בן יחיד, יצחק אייזיק , מעשרה בנים שמתו עליו בילדותם ; יהודה (דריף) , היה המדפיס הראשי בבית דפוסו של ר' ישראל ב"ק ור' ישראל פרומקין בעל "החבצלת".
צאצאיהם הסתעפו למשפחות רבות אוכלוסיו בישוב האשכנזי, הפרושים והחסידים.