בן 29 היה כשקיבל את "השלח" לעריכתו, יהיה עורכו עד סגירתו - בתרפ"ז בירושלים.
במשך 53 שנה כתב יותר מאלף מאמר בכל מיני מקצועות הספרות: פובליציסטיקה, ביקורת, חקירות בלשניות והיסטוריה. פירסם בעברית ובלשונות לועזיות יותר מארבעים ספר.
בפילוסופיה : "יהדות ואנושיות" (שלש מהדורות), "פילוסופים והוגי-דעות" (2 כרכים), "תורת-המידות בישראל".
בדברי הימים : "האדם הקדמון", "היסטוריה ישראלית" (4 כרכים), "כשאומה נלחמת על חרותה" (5 מהדורות), "ישו הנוצרי'' (5 מהדורות), "מישו עד פאולוס", "הבית השני בגדולתו", "הרעיון המשיחי בישראל" (2 מהדורות) וכו'.
בספרות : "היסטוריה של הספרות העברית החדשה" (4 כרכים), "יוצרים ובונים" (3 כרכים), מונוגראפיות על סופרים עבריים, ספרים על שניאור וטשרניחובסקי, ו"קיצור תולדות הספרות העברית" (4 מהדורות). הספר האחרון יצא בתרגומים ברוסית, גרמנית, איטלקית, אנגלית, בולגרית והונגארית.
בבלשנות : "שפת עבר - שפה חיה", "מלון של כים" (ביחד עם יהודה גראזובסקי), "הטראנסקריפציה העברית'', "מלון של כיס" (מלים שמושיות), "דקדוק קצר של העברית החדשה".
בפרשנות : "הפרשגן" לספר עמוס (דוגמה לפארפראזה עברית של המקרא).
בפובליציסטיקה פירסם חוץ ממחברותיו "עם הזרם", "בראשית היה הרעיון", "הסכנה הקרובה", ועוד, מאות מאמרים, ואין שאלה צבורית, ציונית וישובית, שלא הגיב עליה. במאמריו אלה יש הטפה נלהבת לציונות השלמה ושלילה גמורה של הגלות. ארץ-ישראל היא אצלו חזות-הכל. במאמריו יש גם תעמולה נמרצת לעברית.
סיגנונו בדרך כלל, הן במאמריו והן בספריו המדעיים, הוא פשטני ובהיר. יש בו כשרון להרצות על נושאים עמוקים בצורה מובנת לכל קורא. מחקריו המדעיים מצטיינים בסיגנונם המדעי השוה לכל נפש, ולכן רבו כל כך קוראי ספריו ומאמריו. הרבה מספריו, "ישו הנוצרי", "מישו עד פאולוס", "קיצור תולדות הספרות", ועוד, נתרגמו לאנגלית, גרמנית, צרפתית, איטלקית, רומנית, בולגרית, רוסית, הונגרית, ואפילו לערבית.
כעורך הצטיין מאד, והחזיק את "השלח" על אותו הגובה, שעמד בימי אחד-העם. על ברכיו התחנכו רוב הסופרים העבריים החשובים. אין סופר עברי בעלצורה שלא קיבל "סמיכה" ספרותית ממנו. מלבד 36 כרכי "השלח" ערך גם קבצים מדעיים כגון: "שפתנו" (שני כרכים), "זכרונות ועד הלשון" (כרך), את ירחון "ביתר" (שני כרכים), "לוח-אחיאסף" (כרך י"א), "אוצר היהדות" (חוברת לדוגמא), "קובץ בן-יהודה", "כתבי-אפלסון", "מדעי-היהדות" א' ושני כרכים מכתבי ז. ז'בוטינסקי.
הצטיין גם כרושם רשמי-מסע ופרקי-זכרונות, רשמי-המסע שלו בא"י בתרע"ב נתפרסמו בהוצאה שניה בשני כרכים בשם "עם וארץ קמים לתחיה" (במהדורה הראשונה היה שמו של הספר: "עולם מתהוה").
בשנת 1907 נתמנה למרצה בישיבת אודיסה (הישיבה, שבראשה עמד רב צעיר) והרצה שם הרצאות בהיסטוריה ישראלית ובתורת-המידות בשנים 19071908, וגם בבית המדרש למורים ולגננות, בשנים 1917- 1919 היה דוצנט ואחר כך גם פרופיסור באוניברסיטה האודיסאית, וכשבא לארץ הרצה במשך שנים אחדות בבית-המדרש למורים, ובשנת 1926 נתמנה לפרופיסור לספרות עברית באוניברסיטה העברית בירושלים ובשנת 1945 נמסרה לו גם הקתדרה להיסטוריה של בית שני, שנוסדה על שמו.
היה ציוני כל ימיו. לכתחילה "חובב ציון", בהטעמה של "הציונות הרוחנית'' של אחד-העם ואח"כ נעשה ציוני מדיני, הלוחם בתוקף ובמרץ לציונות הגדולה. השתתף בקונגרסים הציוניים: 1, 3, 5, 7, 8, 10, 11, נמנה על הפראקציה הדימוקרטית, בשנים 1903-1904 עמד בראש הועד של "ציוני ציון" למלחמה בהצעת אוגנדה, בשנים 1909-1918 היה חבר הועד האודיסאי של חו"צ, היה חבר פעיל בועד של "חובבי שפת עבר" באודיסה, ובארץ-ישראל הצטרף להסתדרות הציונים הכלליים. מפעילי "ועד הלשון העברית" (היה זמן-מה המזכיר המדעי של "ועד הלשון"), שבו הוא משמש כיום כאחד משני נשיאיו, היה אחד ממיסדי "החברה העברית לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה" וחבר ועד "ברית הציונים הכלליים" וגם חבר המועצה הארצית של הברית הנ"ל. הוא משתתף במו כן בועד "בית העם" בירושלים.
עלה ארצה באניה "רוסלאן" בחנוכה תר"פ (דצמבר 1919), ומאז הוא גר בירושלים בשכ' תלפיות,. במקום שהקים לו בית הנושא שם "יהדות ואנושיות" - על שם ספרו העיוני הראשון, שעשה בפירסומו רושם בביר בדרישת הסינטיזה של יהדות ואנושיות כאחד.
השתתף בכמה אנציקלופדיות ישראליות: הרוסיתהעברית, "אשכול" (הגרמני) והגיה הגהה מדעית את האנציקלופדיה הכללית "מסדה" (ששה כרכים). כמו כן השתתף באנציקלופדיה לספרות ישראלית וכללית,. שיצאה בעריכתו של ב. קרופניק.
פירסם ספר אבטוביוגרפי בשם: "דרכי לקראת התחיה והגאולה". ליובלו השישים הוצא "ספר קלוזנר", בעריכת נ. ה. טורטשינר, א. א. קבק, א. צריקובר וב. שוחטמן מלא וגדוש חומר ספרותי ומדעי, ובתש"ז יצא ספר הערבה עליו מאת שני תלמידיו י. בקר וח. תורן .
בהזדמנויות שונות של הופעות ספריו או חגיגותיובל נתפרסמו עליו מאמרים הרבה בעברית, אידיש, רוסית, גרמנית, אנגלית וכו' וכו'.
בתש"ה מתה עליו רעיתו בחיים צפורה, וזה השפיע עליו השפעה מדכאת. אבל לא פסק מעבודתו