היהודים הציע לשלוח אליהם צעירים יהודים בעלי הכשרה מתאימה, שיחיו ניניהם כרועי צאן ובקר וכך יוקמו בסיסים יהודיים חזקים בנגב ובעבר הירדן, וכן הציע להמשיך בעבודה מעשית של רכישת קרקעות והתישבות ולהגביר את נציגות היהודים באדמיניסטרציה הטורקית אף לפני קבלת זכיון מדיני-לאומי ( צ'ארטר") כדי ליצור בסיס ממשי, נוסף על ההיסטורי, לתביעת היהודים. הצעות אלה שלח להרצל בהמלצת ז. ד. ליבונטין. הרצל התיחס אליהן ברצינות, ואם כי באותו זמן הכריז על התנגדותו לפעולה התישבותית לפני השגת הצ'רטר, ומתוך אכזבה מהשגת "צ'ארטר" מאת השולטן בקרוב נטה להצעת-אוגנדה, בכל זאת הקדיש תשומת-לב אוהדת ופעילה להצעות הד"ר לוי בדבר הפעולה המעשית בכיוון הנ"ל, ובקש ממנו פרטים והסברים נוספים. אחרי מות הרצל המשיכו עוד זמןמה בפעולות על פי התכנית הנ"ל, וכשהוצעו ב-1905 למכירה קרקעות השולטן ביריחו ובעמק הירדן ומושל ירושלים הציע לליבונטין לקנות את הקרקעות בשביל בנק אפ"ק (ובעקיפין בשביל ההסתדרות הציונית), יצא הד"ר יצחק לוי יחד עם אהרן אייזנברג לעמק הירדן ולהרי מואב לסייר את כל הקרקעות הבאים בחשבון וליבונטין אף השליש בבנק שבאיסטמבול אלף לירות טורקיות לדמי-קדימה על הקניות, וכפי שהסביר ליבונטין לראשי ההנהלה הציונית בברלין עשה זאת כדי לקיים את רצונו האחרון של הרצל בדבר הגברת העבודה המעשית בארץ-ישראל, אך הועדה הארצישראלית של הקונגרס הציוני לא אישרה את החוזים והפעולה נתבטלה.
על פרשה זו כתב חוברת בשנת תש"ד בשם: "הבלתי ידוע על הרצל" (בתור תדפיס מיוחד להשבועון "הד-המזרח").
משנעשה מצבו בהנהלת יק"א קשה מנשוא משום שעמד לצד האכרים נגד חתירות ושטנה של פקידים גבוהים חסרי הבנה ואהדה לענין ההתישבות העברית בארץ ורעיון התקומה הלאומית, התפטר ממשרתו ביק"א וקיבל את הצעת ז. ד. ליבונטין להיות מנהל סניף בנק בנק אפ"ק (ובעקיפין בשביל ההסתדרות הציונית), יצא הראשונים לפתיחת הסניף החל הוא לנהלו מדצמבר 1904 ואילך ולהשתתף בפעילות בעניני הצבור. היה פעיל ביסוד "אגודת נטעים", עזר לפרופ' בוריס שץ ביסוד ביה"ס "בצלאל" וברכישת מגרש לבנינו מאת הבנקאי חיים אהרן ואלירו. יסד יחד עם הרי''מ פינס חברה פרטית לרכישת קרקעות בעבר הירדן ונשלחו אנשים לסיור ולמו"מ, אך הקניה לא יצאה לפועל.
בתרס"ו נשא לאשה את מזל-טוב (מתילדה) לבית הרשר ילידת באיון שבדרום צרפת, שהכיר אותה בעת שרותו בדמשק והיא אז שם מנהלת בית-הספר של אליאנס, ואח"כ הועברה לתפקיד דומה בטאנג'ר, ומאז חתונתה ועד סוף תר"ץ ניהלה את ביה"ס לבנות של כי''ח בירושלים.
בתרס"ז השתתף עם דוד ילין ויוסף בר"נ מיוחס ביסוד החברה לחקירת המקומות ההיסטוריים בארץ. במהפכת הטורקים הצעירים היה חבר המועצה העליונה של ועד הטורקים הצעירים "אחדות וקדמה", כי הכריזו על שויון ממשי לכל עמי הממלכה, אך כשלא קיימו את הבטחתם להעמידו כנציג ירושלים לבית-הנבחרים הטורקי, באמרם שלא יתכן כי יהודי יהיה נציג ירושלים, עזב את הפעולה בחוגם. באותו זמן נתמנה להורות כלכלה מדינית בגימנסיה הטורקית הממשלתית בירושלים, ובתר"ע השתתף ביסוד הגימנסיה העברית בירושלים.
במחלוקת על כסא הרבנות הראשית בירושלים בתרס"ז התיצב לצד שוחרי המסורת מצדדי הרב אליהו משה פאניזי'ל , בניגוד לאלברט ענתבי וחבריו שאמרו לרתום את המשרה הדתית העליונה במרכבת ה"קידמה".
בראשית מלחמת-העולם הראשונה פעל למען התאזרחות היהודים, ואח"כ פעל יחד עם ראשי הצבור מכל העדות והבנקים ביסוד החברה הממשלתית להבאת חטים מעבר הירדן להזנת התושבים במחירים נורמליים ולקח חלק פעיל בעבודת ועד הסיוע האמריקאי, בתרע"ה נבחר לנשיא ועד העדה הספרדית וייצג את העדה בפני השלטון הצבאי והאזרחי במצבים קשים ומסוכנים. בהשתדלותו הושלמה בנית בתי שכונת שמעון הצדיק, שהחלה בידי הראשון-לציון רא"מ פאניז'יל והופסקה מחוסר כספים, והד"ר לוי השיג כספים מנדיבים שונים, וביניהם מנתן שטראוס מאמריקה, והבתים נרשמו כרכוש העדה. כן הכין תכנית לבנות בית למשרד העדה ב"משכנות שאננים" והנה פקד המצביא ג'מאל פחה לגרשו מהארץ, ואח"כ נעתר לבקשתו והרשה לו לנסוע בלי משמר לאיסטמבול עיר הולדתו, באוקטובר 1916. שם פעל לעזרת הפליטים ונפגעי המלחמה מטעם ה"ג'וינט", וכן לעזרת תלמידי הגימנסיה הרצליה שנקלעו שמה וליהודי יון שהוגלו שמה.
אחרי תבוסת טורקיה חזר ארצה בינואר 1919, חזר לעבודתו בבנק ונכנס לפעילות צבורית וארגונית לשילוב בני העדה הספרדית במסגרת החיים החדשים. הוא נבחר לנשיא הסתדרות הספרדים ובמושב הראשון של אספת הנבחרים עמד בראש גוש 54 הצירים הספרדיים, נבחר לועד הלאומי, ואח"כ לועד העיר ליהודי ירושלים, ובתר"פ נתמנה הוא ודוד ילין לחברי עירית ירושלים, בה כיהן כשמונה שנים ומהן כשלש שנים כסגן ראש העיר, וכן היה חבר הועדה לבנין ערים. היה פעיל למען קרן הגאולה, הגיש עזרה להציל את קיום בית המלאכה לנשים שנוסד בתר"פ על-ידי הג'וינט ועמד להסגר מחוסר אמצעים. עמד בראש המשרד המכין את הועידה העולמית של היהודים הספרדים וכשנוסדה בועידה בוינה ההתאחדות העולמית של היהודים הספרדים נבחר לסגן נשיאה והתמיד בתפקיד זה כל ימי היותו פעיל בעניני הבנק והצבור בירושלים.
בתרע"א הגה את הרעיון ליסוד שכונת תלפיות