רות פולין וליטה הוקמו קורסים ליחידות-אימונים בשביל הנוער העברי. אמנו מפקדים ומדריכים. חיל המילואים של צבא השחרור הארצישראלי הלך וגדל. הרעיון של כבוש הארץ שחי בלבות העם מיום צאתו לגלות, לבש עור וגידים וכבש לבבות.
על הרקע של רעיון הכיבוש צמח רעיון ההעפלה. אמנם היתה בהעפלה גם שאיפת ההצלה של היחיד. ההצלה מן הגולה הדוייה, מרדיפותיה והשפלתה. אבל הוא ועוזריו ראו בתנועת ההעפלה תנועה טרום-משיחית, תנועה של שיבת-ציון כבושית, בניגוד ל"חוקי" השליטים הנכרים, בניגוד לשיטת הסרטיפיקטים. בארגון ההעפלה לא הפלה בין יהודי לבין יהודי. העליה ההמונית שהוא ארגן לא היתה עליה לפי מפתח מפלגתי. עלו באניותיו הכל: בית"רים, אנשי השומר הצעיר, ציונים כלליים ו"סתם יהודים". אבל בין המעפילים היה תמיד מספר ניכר של צעירים שעלו על האניות בכדי להצטרף לשורותיו של הצבא הלוחם.
עם פרוץ המלחמה העולמית השניה הופסקה ההעפלה וחודשה כתום המלחמה בידי כוחות הנתונים למרות המוסדות הלאומיים. העפלה נהפכה לאחד הגורמים שערערו את יסודות הספר הלבן והפנו את תשומת לבו של העולם כולו לטרגדיה של פליטי ישראל.
גידול הכח של הארגון הצבאי הלאומי המריץ את השלטונות הבריטיים לרדוף את חבריו וביחוד את מפקדיו. נמצאו, כמובן, גם עוזרים לשלטונות. רבים מבין לוחמי "הארגון" הוסגרו בידי הבולשת. הוא היה נאלץ לשנות את אורח חייו ו"ירד" למחתרת. נעלם מעל פני-השטח. רק אנשים ספורים מבין עוזריו הקרובים ביותר יכלו לראותו. למעשה, היה הוא הראשון שחי חיי מחתרת שלמים.
"במסלת המחתרת" גם יצא לחוץ לארץ וחזר ארצה. בחוץ לארץ נפגש בפעם הראשונה פנים אל פנים עם זאב ז'בוטינסקי וידוע, כי השפעת הפגישה היתה הדדית. לבו של דוד היה מלא הערצה למראה המנהיג, שנטע בלב הנוער הביתרי את האידיאלים הגדולים של חידוש הנוער (הערצה זו באה בין השאר לכלל בטוי מובהק בפקודת האבל שדוד חבר בשם שלטון-בית"ר אחרי פטירתו של זאב ז'בוטינסקי - פקודת אבל, שהיא יצירה רעיונית ולשונית נפלאה). אבל גם ז'בוטינסקי עמד תחת הרושם של פגישתו עם "איש הברזל" ואמר לו בפגישתם בפריז: "אדוני, אני מחכה לו זה חמשעשרה שנה" ועל זאת חזר בהזדמנויות שונות (בין השאר בפני דודו של דוד, הרב רוזנסון, רב מפורסם בקובנה, בירת ליטה). אחרי שובו מפריז נתמנה על-ידי ז'בוטינסקי לנציב בית"ר בארץ ישראל, ולקצין השלטון.
בהיותו בחוץ לארץ נפגש גם עם מדינאיים זרים ועם אנשי צבא ועל כולם עשה רושם של קצין צבאי גבוה וגדול, שנולד כאילו לפקד ולהוביל לקרב.
. זמן קצר לאחר שחזר ארצה נתפס ע"י אנשי הבולשת הבריטית בנסותו לעבור לחיפה. הוא הובא לחקירה ובראש מורם הודיע לנציגי השלטונות, כי הוא המפקד של "הארגון" המקבל על עצמו אחריות אישית מלאה עבור כל מה ש"הארגון" עשה. החרדה לגורלו היתה רבה. ובצדק. איימו עליו בתלייה. הוא השיב : "אני מוכן", אך הוסיף אי-אלו אזהרות חד-משמעיות. נשלח לעכו ומשם למחנה הרכוז בצריפין, שבו מצאוהו המאורעות הגורליים, שאירעו באירופה. פרצה מלחמת העולם השניה. גם חבריו במפקדה הראשית נאסרו בינתיים ונשלחו למחנה רכוז.
הדיונים הפנימיים שהתקיימו בקרב ההנהגה של "הארגון" הביאו לידי החלטה ברוב דעות כי עם פרוץ המלחמה העולמית ונוכח סכנת ההשמדה הפיסית שהיתר, צפוייה לעם ישראל מידי היטלר, חייב "הארגון" להפסיק את פעולותיו ואף להכריז בפומבי על "ההפוגה", או על "שביתת-נשק". ההחלטה על כך נתקבלה ע"י רוב חברי המפקדה. בערבותו של פנחס רוטנברג שוחרר ממחנה המעצר. זמן מה אחריו שוחררו גם אברהם שטרן (יאיר) ויתר חברי. המפקדה.
בימים ההם אירע הקרע בינו ובין חלק מחברי המפקדה והוא אמר לפרוש מתפקידו ולהתמסר ללמודיו וכתביו. אולם הפצרות חבריו ודרישתו האישית של ז'בוטינסקי השיבוהו לתפקידו בשורות "הארגון".
לצד הארגון הצבאי הלאומי בארץ-ישראל הוקם הארגון הצבאי הלאומי בישראל, בראשותו של אברהם שטרן (יאיר), שהיה נגד "ההפוגה". הפילוג הביא מריבות חמורות, חשדות הדדיים והחלשה כללית של כוח המחנה. אין ספק, כי אלה היו הימים המרים ביותר בחייו, ימים, שבהם ידידים בנפש הופכים שונאים ועמל שנים נחרב והולך.
הוא התאושש במהרה. ידע, ש"ההפוגה" שנכפתה עליו ע"י מסיבות הזמן אינה אלא זמנית. הוא חזה את היום בו יוציא את חייליו לקרבות מכריעים למען שחרור המולדת. באחת מפקודותיו לקורס למדריכים כתב במפורש, בסגנונו הקצר והשנון, כי "עוד תוצא החרב מנדנה".
נשא לאשה את שושנה בת חיים וחנה שפיצר (אמה היא מנהלת ביה"ס למלאכה "לבנות מזרחי" בירושלים). בימי "פאטריה" הנסערים תיכן תכנית לסכל את מזימת הגירוש מהנמל. הוא בעצמו סייר בנמל חיפה וטפל בהכנת המנגנון, שבעזרתו אפשר היה לשתק את האניה, מבלי לפגוע בנוסעיה. אולם מישהו הקדימו. בינתים פרץ בעירק "המרד" של ראשיד עלי, שנעזר , במישרין ע"י הגרמנים. הסכנה - סכנת כליון - התקרבה לגבולות הארץ. נצחונו של "המורד" העיראקי היה מביא, את הצבא הגרמני ואת האויריה