במאמריו ב"הפועל הצעיר" ו"האחדות" נלחם בעוז רב בעד רעיון התחיה ובעד עניני הפועלים בארץ, כתב פרקים בשם "בעתונות ובספרות", "מתוך הפנקס", "בחיינו ובעתונותנו" וספריו הנם בטוי נאמן לעליה השניה לכל לבטיה. פרסם שורה של הערכות ומאמרי בקורת על כל ההופעות הספרותיות שהופיעו, קרא והטיף במאמריו לליכוד תנועת העבודה בארץ. בתרע"ד נשא לאשה את חיה בת הרב שמואל משה ברוידא (רב בדרוסקניק, פלך גרודנה, רוסיה הלבנה, ואח"כ דיין וחבר בית הדין הראשון הקבוע שהקימה הרבנות ביפו), מהגננות הראשונות בא"י, והסופר א. ז. רבינוביץ (אז"ר) היה מסדר הקידושין.
למרות הנסיון שלא הצליח בו - להסתגל לעבודת החקלאות - שאף לעזוב את העיר ועבודת הספרות ובהמלצת חברו יעקב כהן מהמושב גחלת יהודה נתקבל בתרע"ד כחבר המושב ועמד להתישב שם על שטח של 2 דונם אדמה ולבנות לו בית. במיוחד עמד על זה אחרי שנולד לו בנו אורי ניסן. במגמה ''שהילד יגדל במושבה ולא בעיר, ואם גם לא בבית אכר גמור". בינתים, עד להתנחלותו בנחלת יהודה, עבר לבן-שמן ולרגל פרוץ המלחמה העולמית הראשונה נתבטלה תכנית העברתו לנחלת יהודה.
כשהממשלה הטורקית התחילה לגרש מן הארץ את נתיני האויב, קיבל עליו את הנתינות הטורקית כדי שיוכל להשאר בארץ. בתרע"ה עבר ליפו ונתמנה למורה לשפה ולספרות העברית בגימנסיה העברית ''הרצליה", התחבב על התלמידים והצליח בעבודת ההוראה. בימי גירוש יפו ותל-אביב הלך בגולה עם הגמנסיה על מוריה ותלמידיה למושבה שפיה ע"י זכרון-יעקב. אך לרגל מצוקת הגולים וסבלם עזב את הגמנסיה ועבר לגן-שמואל ולחדרה. התמסר לעבודת העזרה לפליטים בסידור משלוח עגלות למגורשים הנוספים מפתח-תקוה ומכפר-סבא, בסדור מעונות, בחלוקת המזון, ובהושטת עזרה מהירה לחולים ולילדים תשושים, ולא נח ולא שקט עד שהעבירו את מגורשי כפר-סבא מהמחנה הארעי בחורשת האקליפטוסים ליד הביצה, מקום שהיו צפויים למחלות ולקדחת, למקום אחר.
אחרי הכיבוש הבריטי שב ליפו ועם יסוד "אחדות העבודה" השתתף בשבועונה "קונטרס" והוזמן כעורך ירחונה "האדמה" (הופיעו 9 חוברות). היה מרבה להדפיס בו יצירות של פועלים שלא זכו עוד לפרסם את דבריהם בדפוס, ולא חס על זמנו ועמלו להכשיר את דבריהם לדפוס. ביניהם את יומנה של שרה צ'יזיק (נפלה בהגנת תל-חי בי"א אדר תר"פ). מאורעות תל-חי והפרעות בפסח תר"פ בירושלים הדהימוהו והתהלך זמן מסויים כאיש אשר ניטל ממנו כח הדיבור, ואת הזדעזעותו ממאורעות אלה הביא לידי ביטוי במאמרו "תל-חי" ב"האדמה".
לרגל השינוי שחל בחייו המשפחתיים, אנוס היה להפרד מעל בנו יחידו ולתת לו ללכת למרחקים, בסוף 1920 עבר לגליל וחי במחנה מגדל של גדוד העבודה ע"ש יוסף טרומפלדור, בפלוגת סוללי הכביש טבריה-מגדל. עסק שם בהוראת השפה לחלוצים העולים, הרצה על נושאים ספרותיים (הרצאתו האחרונה על יוסף טרומפלדור, היתה ביום השנה הראשון למאורעות תל-חי בפלוגת סוללי הכביש של גדוד העבודה בראש העין ע"י פתח-תקוה), ועזר בעריכת "הסולל" כלי המבטא של הסוללים וכובשי הכבישים, כן נמסרו לידו יומני גליפולי של יוסף טרומפלדור הכתובים רוסית לתרגום לעברית.
חתם בפסבדונימים: יחב"ר, ח. ב. צלאל, יוסף חבר, בן שלמה, בר-יוחאי, י. ח. ב" י. מחבר, ר' חיים, ב. זעירא, י. מ., יוסל שלמה'ס. ספריו; "מעמק עכור" ("תושיה", ורשה, 1900), "בחורף" ("אחיאסף", קרקוי, תרס"ד), "מעבר לגבולין" (הוצ' י. נרודצקי, לונדון, תרס"ז), "לא כלום" (הוצ' "עבריה", ניו-יורק, תרס"ז), "אברהם מאפו, זיין לעבען און ליטערארישע טעטיגקייס" (הוצ, אשר בוכבינדר, גליניאני, 1908) , "בין מים למים" (הוצ' "ספרות", ורשה, תר"ע), "כתבי י. ח. ברנר", ספר ראשון (הוצ' קרוגליקוב, יפו, תר"ע), "מכאן ומכאן" (הוצ' "ספרות'', ורשה תרע"א), "המוצא" ("ספריה עממית" הוצ' הפוה"צ, חוב' א', יפו, תרפ"א), "כל כתבי י. ח. ברנר" בשמונה כרכים (9 ספרים, הוצ' שטיבל, ת"א, תרפ"ד, תר"ץ) בכמה מהדורות; "אגרות י. ח. ברנר" בשני כרכים, הובאו לדפוס בצירוף מבוא והערות ע"י מנחם פוזננסקי (הוצ' ''דבר", ת"א, תש"א). תרגומיו: ל. טולסטוי "בעל הבית ופועלו" (ספרית "בכפר", תרע"ט), פ. דוסטויבסקי, "החטא וענשו" (הוצ' שטיבל, ורשה), ג. הויפטמן, מיכאל קרמר ("יפת", קובץ א'), אנשים בודדים ("יפת", קובץ ב'), בעל עגלה הנשל ("יפת", קובץ ג'), האורגים (קובץ ספרותי, הוצ' "אחדות", ירושלים, תרע"ה), ד"ר ת. הרצל, "דאס נייע געטא" (הוצ' אשר בוכבינדר, גליניני 1908), וו. זשאבאטינסקי, "פארוואס ווילען מיר דוקא ארץ ישראל" (הוצ' פועלי ציון, לונדון), ד"ר א. רופין, "היהודים בזמן הזה" (הוצ' מוריה, אודיסה), י. טרומפלדור, "גליפולי" (בקובץ מחיי יוסף טרומפלדור, יפו, תרפ"ב), הוצאת "לעם": א) האדם והטבע; ב) הר הקרח ; ג) עבדות ברומי העתיקה ; ד) הולנדיה ; ה) הבקטריות: ו) השמים והכוכבים; ז) בימי קדם.
השתתף בועידת היסוד של הסתדרות העובדים הכללית (חנוכה תרפ"א) בחיפה.
ב-1921 שב ליפו ועבר לגור בדירת משפחת יצקר בשכונת אבו-כביר, וחדרו שימש אכסניה לפועליםחלוצים ולאנשי-עבודה בעלי נטיה ספרותית.
שם נרצח ביום כ"ד גיסן תרפ"א (2.5.21) בימי מאורעות מאי 1921 ביפו. והובא לקבורה בקבר האחים של חללי המאורעות בבית הקברות הישן בתל-אביב.
בנו: אורי ניסן (ע"ש חברו וידיד נעוריו הסופר א. נ. גנסין) ממייסדי תנועת "מחנות העולים בארץ, חבר קיבוץ מעוז חיים.
על שמו: שכונה ורחוב בתל-אביב; בית הסתדרות העובדים בתל-אביב (בית ברנר); קיבוץ גבעת ברנר ע"י רחובות ופרס לדברי ספרות ע"י יעקב האפט, המתחלק פעם בשנה.