הם הקדיש ספר מיוחד), פרסום כתבי-יד עבריים, התהוות הספר העברי, ביבליוגרפיות מקצועיות, ספרים יחידים בעולם וכו'. במחקריו תיאר בפעם הראשונה ספרים עבריים רבים שלא היו ידועים כלל לרושמי רשימות, וכאן יש להזכיר במיוחד את תגליתו מהשנים האחרונות: הקטלוג המסחרי הראשון של ספרים עבריים שיצא מבית-דפוסו של מנשה בן ישראל באמשטרדם.
חלק גדול מכח-יצירתו הקדיש לתולדות הישוב היהודי בארץ-ישראל בכל הדורות ולתולדות היהודים בארצות המזרח וזיקתם לארץ-ישראל. בשטח הראשון יש להזכיר, ראשית-כל, את שלשת ספריו הגדולים "אגרות ארץ-ישראל", "מסעות ארץ-ישראל" ו"זכרונות ארץ-ישראל", המהווים יחד את האוצר הגדול ביותר והמדויק ביותר של מונומנטים ספרותיים לתולדות הישוב היהודי בארץ: מאמריו על שליחי ארץ-ישראל לארצות שונות; פרסום תעודות לתולדות הישוב. בשטח השני יש להזכיר, במיוחד, את מאמריו על יהודי תימן (שליחים מארץ-ישראל לתימן, עלית יהודי תימן לארץ-ישראל, משיחי-שקר בתימן, ועוד), יהודי בוכארה, כורדסתאן, פרס והודו, את הביבליוגרפיות של ספרי לאדינו וספרים בפרסית-יהודית, ואת פרסום ספרי-המסעות של שליחי ארץ-ישראל לארצות המזרח (דוד דבית הלל" יעקב ספיר, יחיאל פישל קעסטילמאן מצפת, אפרים נימרק). במחקרים אלה גילה יערי במה פרשיות בלתי-ידועות בתולדות נדחי ישראל בארצות המזרח.
בשנים האחרונות עובד הוא על ספר גדול בתולדות שליחי ארץ-ישראל. ספר זה, שיכלול למעלה מחמשים גליונות-דפוס, יקיף את תולדות השליחות מארץ-ישראל ותולדות השליחים מחורבן בית שני עד סוף המאה התשע-עשרה, רובו על יסוד חומר בלתי-ידוע בדפוס ובכתבי-יד, ולפי מהותו והיקפו ישמש תרומה חשובה ביותר לתולדות הישוב בארץ, לתולדות חכמי ארץ-ישראל ולתולדות היחסים בין ארץ-ישראל וארצות הגולה בדורות שונים.
ואלה חיבוריו העיקריים בסדר א"ב: 1) אגרות ארץ-ישראל שכתבו היהודים היושבים בארץ לאחיהם שבגולה מימי גלות בבל ועד שיבת ציון שבימינו. תל-אביב, הוצאת "גזית", תש"ג.
2) אגדות שניאור זלמן שעכטער אל שמואל אברהם פוזננסקי, יו"ל עפ"י כ"י. ירושלים, במברגר את וואהרמן, תש"ד.
3) באהלי ספר . (פרקים בתולדות הספר העברי). ירושלים, הוצאת מס, תרצ"ט.
4) בית-הספרים הלאומי והאוניברסיטאי בירוש לים . (במלאות יובל שנים לקיומו). תל-אביב, הוצאת "אמנות", תש"ב.
5) דגלי המדפיסים העבריים מראשית הדפוס העברי ועד סוף המאה התשע-עשרה. ירושלים, הוצאת האוניברסיטה העברית, תש"ד.
6) הדפוס העברי בארצות המזרח , חלק א': צפת, דמשק, ארם-צובה, קאהיר, אלכסנדריה, עדן. ירושלים, הוצאת האוניברסיטה העברית, תרצ"ז; חלק ב': כלכותה, בומבי, פונה, קוג'ין, מאדריס, בגדאד. שם, ת"ש.
7) דרמות בעברית . ביבליוגרפיה. תל-אביב, הוצאת "חוג הבימה", תרצ"ד.
8) הרפתקאותיו של אשר הלוי . ספר-מסעות יו''ל עפ"י כ"י. ירושלים, הוצאת מס, תרצ"ח.
9) זכרונות ארץ-ישראל . מאה ועשרים פרקי זכרונות מחיי הישוב מהמאה השבע-עשרה עד ימינו. ירושלים, הוצאת המחלקה לעניני הנוער של ההסתדרות הציונית, תש"ז. שני כרכים.
10) לקוטים ביבליוגרפיים . חוברת א'-ט"ו ירושלים תרצ"ה-תש"ד.
11) מבית-דפוסו של מנשה בן ישראל . רשימה עם מבוא. תל-אביב. הוצאת ליאון, תש"ז.
12) המדפיסים בני פואה . ירושלים תש"א.
13) המחזה העברי המקורי והמתורגם מראשיתו ועד היום. רשימה ביבליוגרפית- ירושלים, הוצאת המחלקה לעניני הנוער של ההסתדרות הציונית, תש"ח (כל מהדורת הספר הזה נשרפה בבית-הדפוס בשעת פיצוץ בנין "פלסטין פוסט" בירושלים בחורף תש"ח, ובידי המחבר נשתיירו לפליטה רק שלשה טפסים; הספר הולך ונדפס מחדש).
14) מסע בארץ הקדם סוריה, כורדיסתאן, ארםנהרים, פרס ואסיה המרכזית, מאת אפרים ניימרק, הביא מחדש לדפוס בנוסח מתוקן והוסיף עליו מבוא והערות. ירושלים, הוצאת האחים לוין-אפשטין, תש"ז.
15) מסע משולם מוולטרה לארץ ישראל בשנת 1481, יו"ל עפ"י כ"י יחיד בעולם. ירושלים, "מוסד ביאליק, תש"ח.
16) מסע תימן מאת יעקב ספיר. הביאו מחדש לדפוס בנוסח מתוקן והוסיף עליו מבוא והערות. ירושלים, הוצאת האחים לוין-אפשטין, תש''ה.
17) מסעות ארץ-ישראל של עולים יהודים מימי הבינים ועד ראשית ימי שיבת ציון- תל-אביב, הוצאת "גזית", תש"ו.
18) מסעות ר' דוד דבית הלל בא"י ובסוריה. החזירם למקורם והוסיף מבוא והערות. ירושלים, תרצ"ט.
19) מסעות שליח צפת בארצות המזרח . יו"ל עפ"י כ"י. ירושלים, הוצאת "תרשיש", תש"ב.
20) הספרות החקלאית בעברית . ביבליוגרפיה של ספרים, חוברות ועלונים. תל-אביב, הוצאת "השדה". תרצ"א.
21) הספרות היפה בעברית, המקורית והמתורגמת, מר' משה חיים לוצאטו עד היום הזה (תפ"ט-תרפ"ו), רשימת הספרים הנמצאים בבית-הספרים הלאומי והאוניברסיטאי, ירושלים, הוצאת בית-הספרים הנ"ל, תרפ"ז.
22) ספרי-חנוך וספרי ילדים שנדפסו בארץ-יש