תהיה התשובה הטובה ביותר לקישינוב. נורדוי מתנגד לתכנית, הרצל מנסה לשכנע אותו שזו תהיה "ראשון לציון מבחינה מדינית". על כל פנים זה יקדם יותר את ענין ארץ ישראל ממפעלו של "הנדיב הידוע", כי זו תהיה תחנת כוח יהודית.
אבל בינתיים יש לעשות גם למען יהודי רוסיה. במשך שנים נסה הרצל לבוא במגע עמה על ידי מתווכים שונים ולא הצליח. לבסוף פנה במכתב ישיר לפליוה , המיניסטר הרוסי שהיה אחראי לפרעות ולראש הכנסיה פובידונוסצב. אין סנטימנטים במדיניות, טוען הרצל, הפנייה הישירה הצליחה. ב-7 באבגוסט נפגש הרצל פעמים עם פליוה. אצל שר הכספים וויטה השיג את ביטול האיסור על מכירת מניות הבנק. פליווה הביע את הסכמתו לציונות שפירושה הגירה. אין ליהודי רוסיה ברירה כי אם בין הגירה וטמיעה. הציונים הלאומיים-תרבותיים אין דעתו נוחה מהם. מכיון שאף הרצל שם את הדגש על ציונות ההגירה הגיעו לידי הסכם וניתנה הצהרה רשמית על היתר התנועה הציונית.
בימי שבתו ברוסיה פרסמה אנגליה את ההצעה הרשמית על אוגנדא.
היו לו סבות להרצל לנחת רוח גם בגלל ההשגים המדיניים ברוסיה, אבל יתר על כן השפיעה עליו קבלת הפנים שנערכה לו על ידי יהודי רוסיה בכל מקום שהופיע. לשיא הגיעה ההתלהבות בוילנה. למרות איסור ההפגנות ולמרות התערבות המשטרה לא הרפו ממנו ההמונים, הסוסים הותרו ממרכבתו והיא נישאה על כתפי סטודנטים יהודים. הוגשה לו מתנה: ספר תורה משובץ במיוחד לכבודו והשם "מתתיהו" (כך תרגמו בתחילה את השם "תיאודור") חרוט בקישוטים.
הקונגרס הששי נקרא בסימן המשא ומתן ברוסיה ובסימן אוגנדה. נמצאו גם מתקיפים את המשא ומתן עם פליווה. בראש המתקיפים עמד ד"ר חיים וייצמן, אבל כמובן שעיקרו של הקונגרס היה מסביב לענין אוגנדא.
בנאום הפתיחה נימק הרצל את הצעת אוגנדא. חזר והדגיש את נאמנותו לארץ ישראל, אבל ציין את הערך המדיני של ההצהרה, ואת הכוח הממשי שיצמח לעם מהגשמתה. נאומו נתקבל בהתפעלות. גם וייצמן, ראש האופוזיציה הדימוקרטית היסס בתחילה. הראשון שיצא בחריפות נגד ההצעה היה ד"ר שמריהו לוין . האויר התחמם. נזרקה גם המלה "בוגד"! דוד טריטש התקיף את הרצל אישית והאשימו בכשלון המו"מ על קפריסין וחצי אי סיני. הרצל רצה להעביר את הויכוח מהמליאה לועדה, אבל הרוב דחה את הצעתו. הרצל לא השתתף בויכוח עצמו. נורדוי הגן עליו למרות התנגדותו הפנימית. הרצל העמיד להצבעה את בחירת הועדה החוקרת שתצא לאוגנדא והתחייב לא לפעול גם אחרי שוב הועדה, בלי קונגרס מיוחד. ההצבעה היתה אישית, 295 אמרו: הן, 177 - לאו. מאה נמנעו. אומרי ה"לאו" נתארגנו כ"ציוני ציון". התאספו באולם הקטן של הקונגרס הראשון. התרגשותם הגיעה לידי בכי. כשנודע הדבר להרצל נכנס אליהם. נתקבל בקרירות ושוב מישהו קרא; "בוגד". הרצל נסה להסביר להם שזו אי-הבנה. הוא עומד על בסיס תכנית בזל בשלמותה. ספר להם על כל פרשת קושטה. "כסף אינכם נותנים לי. נותרה לי הדיפלומטיה. אם תדחו את ההצעה, שוב איש לא ינהל עוד עמי משא ומתן".
בהשפעת הנאום חזרה האופוזיציה למחרת לאולם הקונגרס. נמנע הקרע. שמריהו לוין הצהיר שלא היתה כאן הפגנה, כי אם יציאה מתוך התרגשות, בטוי לזעזוע. וייצמן - מאומרי הלאו - הסכים להבחר לועדת החקירה. בבחירות נבחר שוב הרצל לנשיא בכל הקולות נגד שלשה בלבד.
בנאום הסיום נשא הרצל את ידו ולקול תשואות נרגשות נשבע: "אם אשכחך ירושלים תשכח ימיני".
אחרי הקונגרס אמר לידידיו: "בקונגרס ה-7, אם אזכה לחיות עד אז. או ארץ ישראל תהיה בידי או שאדע שהכל לשוא. אני אתפטר".
הקונגרס רופף, כמובן, את בריאותו. אבל הוא לוחץ שוב על גרינברג לפעול בשני הכיוונים גם יחד: אל עריש ואוגנדא.
בינתיים שוב הוחמר הויכוח הפנימי. מנחם או סישקין לא השתתף בקונגרס. אותה שעה היה בארץ ישראל וארגן בזכרון יעקב, ועד פועל מנציגי כל הישובים. שלח מברק לקונגרס בשם העם העברי בציון. הרצל ראה במעשה זה חתירה מתחת למוסדותציוניים. נוסף לכך חשש לנזק מדיני של מעשה זה.
אוסישקין חזר לאודיסה, הודיע שאינו מקבל את החלטות הרוב וכינס את ציוני רוסיה בחרקוב. הרצל ישב שוב באדלק. נרגז וחולה. גם אשתו חלתה באותו זמן. גם מצבו הכספי הוחמר. הגיע לידיו גלוי דעת לוחם של אוסישקין. הרצל ענה בחריפות ושלח את שני גלויי הדעת ל"די וולט". בגלוי דעת שלו מתקיף הרצל שוב את המאמינים שאפשר להשיג ארץ על ידי קניית חלקות. יש להבדיל בין משפט פרטי למשפט לאומי. ההבחנה בין שני אלה הוא עיקר הציונות.
הוא מכין באדלק מכתב לעם היהודי למקרה שיתפטר. במכתב הוא מנסח: הקרע הוא בי. מוחי הוא בעד אוגנדא. לבי נגד. זהו סבך שאוכל להתיר אותו רק על ידי התפטרותי.
בסוף דצמבר 1909 הגיעה לוינה משלחת מועידת חרקוב ובידה אולטימטום. התביעה: להסתלק מיד מענין אוגנדא. לפני ימים מספר התנקש סטודנט אחד, שלא היה שפוי בדעתו, בנורדוי . הרצל ראה בזה פרי האוירה וההסתה. סרב לקבל את פני המשלחת. הסכים רק להפגש אתם כחברי הועד הפועל הציוני. לפי שעה שככה הסערה.