הרצל יצא לאיטליה ונפגש עם האפיפיור. עם כל הנימוסין שהרצל העריך אותם מאוד. הוא סרב לנשק - כמקובל - את ידו של "האב הקדוש". גם נציגי הכנסיה וגם המלך ויקטור עמנואל-שלישי מבטיחים לו את סיועם לציונות.
ב-10 בפברואר קורא הרצל לועד-הפועל המצומצם. ההצעות האנגליות שונו בינתיים. החלה התנגדות מצד הילידים באוגנדא.
ב-11 לאפריל התכנס הועד הפועל הגדול. הרצל הצהיר בפניו: "אין אני זקוק לרוב. מה שאני צריך הלא רק זה שאהיה שלם עם עצמי. אם זה לי דייני".
הרצל הבטיח שאת ההכרעה הסופית הוא ימסור לידי הקונגרס ה-7. כמו כן נתקבלה ההחלטה: מקבלים לתשומת לב את המאמצים למען ארץ ישראל. את הויכוח יש להמשיך אך ללא התקפות אישיות.
בועידה זו נבהלו המשתתפים ממראהו החיצוני של המנהיג. החליט לצאת לפריס, כדי להשיג אמצעים כספיים בשביל המשלחת, כי התחייב לא לקחת לשם זה מקרנות ההסתדרות הציונות. ציוני רוסיה איימו באי-העברת כספי השקל הציוני.
לפאריס לא יצא עוד. מועצת רופאים קבעה הרעה בשריר הלב וציותה עליו ששה שבועות רפוי בפרנצסבד.
ב-6 במאי כתב לוולפסון: "אל תעשו שטויות בשעת מותי".
ב-9 במאי התבטא: אני כבר אחרי הצלצול השלישי. אינני פחדן ואני מחכה במנוחה למוות וביחוד לאחר ששנות חיי האחרונות עברו לא בלי תועלת.
הוא עובד בלילות למרות האיסור מצד הרופאים. כותב מכתבים רבים.
מפרנצסבד יצא לאדלק.
ב-2 ביולי, שבת בבוקר דרש שיביאו אליו את אמו וילדיו (בתו פאולינה היתה כבר עמו). לכומר הכלר שעמד לימינו ללא הפסק אמר: "שאל בשמי לשלום כולם ואמור להם, שנתתי את דם לבי בעד עמי".
ביום א', 3 ביולי הורע המצב. בקש לחזק אותו עד בוא האם. סטודנטים עמדו על המשמר בדלת. הוא התרומם פעם ואמר: "האנשים האלה, טובים ונהדרים הם. בני עמי אלה! תראו, הם עתידים להכנס לארץ מולדתם".
בצהרים הגיעה אמו והילדים. שמח לבואם והונח לו קצת.
בשעה 5 אחרי הצרים נאנח אנחה עמוקה ונסתלק מן העולם בכ' בתמוז תרס"ד (3.7.1904) ונקבר באבלך ע"י זמרינג.
בהתאם לצואתו נערכה ההלויה ללא פאר חיצוני. מרכבת-מתים שחורה ופשוטה שהיו מובילים בה מתיעניי-העם. גם על הספדים אסר בצואתו. דוד וולפסון אמר: את בקשתך שלא לומר דברי הספד אנו שומרים בחרדת קודש. אנו נמשיך בדרך שבה הלכת אתה. אני חוזר על שבועתך: אם אשכחך ירושלים, תשכח ימיני. בהלויה השתתפו נציגי כל יהדות העולם אשר נזדעזעה עד עמקי הנפש מפטירת המלך ללא כתר.
מדי שנה בשנה ליום הולדתו ב-2 במאי היתה יהדות וינה עורכת תהלוכה לקברו.
והעם חכה לרגע בו תוגשם צואתו להעלות את עצמותיו ועצמות בני משפחתו לארץ ישראל.
אפילו הנאצים לא העיזו לנגוע בקבר הגדול. צורר היהודים אדולף אייכמן הציע לציוני ליאון ווכסלר מוינה לקבל את עצמותיו של הרצל תמורת שני מיליון לי"ש. הסחיטה לא הצליחה. כעבור חדשים מספר לאחר ההצעה התמוטט המשטר הנאצי.
י"ח באב תש"ט (13.8.1849) יצאה לוינה משלחת מהארץ לקבל את ארונו של המנהיג, חוזה המדינה. במשלחת השתתפו: דוד רמז (שר התחבורה בישראל) יצחק גרינבאום (גזבר הסוכנות היהודית) והאלוף יוסף אבידר (בשם צבא ההגנה לישראל). בראש משמר הכבוד הצבאי עמד רב סרן דב ארנון .
ביום ג', כ"א אב תש"ט (16.8.1949) העלה מטוס "אל-על" את עצמותיו ואת עצמות הוריו ואחותו בחיפה לקול רעמי תותחים עבריים. משם הועברו הארונות ללוד. לרגלי העדרו של נשיא המדינה ד"ר חיים ווייצמן מהארץ קבל שם את הארון מ''מ הנשיא ויו"ר הכנסת יוסף שפרינצק, ראש הממשלה ושר הבטחון דוד בן-גוריון , שרי ממשלה, ראש המטה הכללי, רב האלוף יעקב דורי , יו"ר הנהלת הסוכנות ברל לוקר , ותיקי התנועה הציונית וראשי מוסדות.
מלוד הובא הארון במכונית צבאית פתוחה עטופה שחורים לתל-אביב. הועלה על במה מיוחדת ברחבת הכנסת. כמאתים אלף איש עברו במשך הלילה על פני הארון ונתנו כבוד למנהיג.
למחרת ביום הרביעי כ"ב באב תש"ט (17.8.1949) הועבר הארון לירושלים. משלחות מכל הארץ עלו לבירה לחלק את הכבוד האחרון להרצל במקום קבורתו בהר הרצל. שקיקי עפר מכל הארץ הובאו ושופכו לתוך הקבר. בטכס רב הורד הארון למקום מנוחתו האחרונה של המנהיג. בהר הרצל ינטע יער ארזים. הדואר הוציא לרגלי ההלוויה בולים מיוחדים.
ביום ששי כ"ד אב תש"ט (19.8.1949) הובאו עצמות הוריו ואחותו פאולה לקבורה בהר הרצל, בשלשה קברים חצובים בסלע ההר כמאתים צעד צפונית מערבית מקבר הבן והאח.
צאצאיו: פאולה אשת המהנדס הופט מלמברג (נולדה בוינה 29.3.1890 ונפטרה בבורדו, צרפת 14.9.1930); הנס (נולד בוינה 10.6.1891. איבד עצמו