נתן שיעורים בעברית והתכונן ללמוד לגמירת בחינותיו. והנה גורשו היהודים ממוסקבה ובאודיסה נוצר ועד לעזרתם, וה"גימנזיסט" הנשוי התמסר בכל זמנו ומרצו לעבודה בועד הזה (עבודתו הצבורית הראשונה), עד כי הפסיד את שיעוריו הפרטיים, מקור פרנסתו .והוכרח לקבל את הצעת מ. ל. לילינבלום לקבל משרת מחנך במשפחה יהודית אמידה בקרבת סימפירופול. משלא מצא לו שם שטח מספיק לפעולה חינוכית עברית, עבר לסימפירופול וניסה ליסד שם "חדר מתוקן", אך המלמדים המקומיים הלשינו עליו שהוא פותח "חדר" בלי רשיון, ואחרי הצליחו בבחינת הבגרות חזר לאודיסה, נרשם באוניברסיטה במחלקה לפילולוגיה, נתן שעורים פרטיים לפרנסתו והתמסר לעבודה צבורית וציונית, ודירתו (חדר יחיד לו ולאשתו ולשתי בנותיו הקטנות) היתה בית ועד לסטודנטים שמשך אותם לחיבת-ציון ולציונות, ומחוסר מקום היו יושבים על המטה ועל ספי החלונות ומתווכחים עד אור הבוקר, ובעיקר עסקה אגודתם הראשונה של סטודנטים לאומיים באודיסה) בלימוד וחקר ביהדות. יסד ב-1898 את אגודת "בני ציון" (האגודה הציונית הראשונה באודיסה) וב-1899 את "נם ציונה". נבחר מטעם "בני ציון" לציר לקונגרס הציוני השני, וכשנתפלגו הציונים אחרי הקונגרס למדיניים (לפי הרצל) ולתרבותיים (לפי אחד העם), הצטרף לתרבותיים, אך הוסיף לפעול גם עם המדיניים ויצר פשרה ושיתוף בין שני הזרמים. עשה תעמולה לציונות ולתרבות העברית באודיסה ובערים אחרות למען עבודה מדינית ותרבותית כאחת, השתתף בארגון ובהרצאה בשיעורים לספרות ולציונות, יסד בתי ספר עבריים ולאומיים ואגודות ציוניות בהרבה ערים ברוסיה, עסק בהפצת שקלים ומניות הבנק הציוני, באיסוף תרומלות לקה"ק ולועד חובבי ציון, בהפצת מניות חברת "גאולה" שהיה ממיסדיה ועוד. נבחר לציר גם לקונגרסים הבאים ותמיד היה לו מה להגיד, מתוך נסיונו המעשי בעבודה הציונית, בדבריו עשו רושם.
ב-1900 גמר את המחלקה לפילולוגיה באוניברסיטה, נבחר לקונגרס הציוני הרביעי שהתכנס בלונדון, אך לפני כן ביקר בארץ ועבר בה לארכה ולרחבה, למד את בעיות הישוב וההתישבות, ומכאן נסע לקונגרס ונתן לצירים מרוסיה הסברה והדרכה לפי מראה עיניו, ובכיוון זה המשיך לפעול אחרי שובו מהקונגרס לרוסיה. ביחוד עמד בארץ על התקלה של תעמולת פקידי הבארון ויק"א לדלדול הישוב בכוחות אדם. בעקב המשבר הכלכלי היו הפקידים משדלים את הפועלים לחזור לגולה ואף נתנו להם כסף לפיצויים והוצאות הדרך. כדי לסכל את פעולתם המזיקה החל שיינקין אוסף באודיסה קרן לעזרת פועלי ארץ-ישראל, שיוכלו להחזיק מעמד בארץ, כי נקל להכניס לארץ כספים מאשר אנשים, וחבל על כל נפש מישראל המשאירה חלל ריק אחריה בצאתה.
ב-1901 נבחר לרב מטעם בבאלטה שבפלך ווהלין. ציוני אודיסה התנגדו לצאתו מעירם, אך הכריעה דעת אחד העם שיקבל עליו את המשרה, באמת כי קהלה יהודית בת 18 אלף תושבים בחרה בו, בלי לחץ מהחוץ ובלי תעמולה מצד מישהו, וגם שם יש מה לעשות למען הציונות. שם היה גם מורשה הגליל הציוני של פלכי פודוליה, ווהלין ובסראביה, ולמרות האיסור על תעמולה ציונית, ולמרות היותו, לפי משרתו נחשב כאיש-אמונים של השלטון בקהלתו, היה ממשיך במסעי תעמולה לערים קרובות ורחוקות ואף כציר לקונגרסים הציוניים (בקונגרס הששי, היה מראשי המתנגדים לתכנית-אוגנדה, אך נגד ההתקפות האישיות על הרצל), מבלי לחשוש לסיכון מעמדו וחופשתו, - ואת החובות של רב מטעם (רישום לידות, נשואין ומיתות, מסירת דו"ח לשלטונות וכדומה) היתה ממלאה ה"רבנית" שלו, רעיתו, בעת העדרו. אכן, כשתמו 4 שנות שרותו ונבחר מחדש, סירב שר הפלך לאשרו בגלל פעילותו הציונית ותלה את האישור בתנאי שיבטיח לחדול מפעילות אסורה זו. השיב לו שיינקין, שאינו יכול להבטיח כזאת, שכן יש בדעתו להמשיך ובתור רב אסור לו לשקר. שר הפלך התפעל מהיושר ומהאומץ שבתשובתו, אך את האישור לא נתן.
אחרי ששוחרר מעול הרבנות עלה לארץ ב-1905 לעזור לעמלים ביסוד הגימנסיה ביפו ובהשתדלותו באו הד"ר מוסינזון והד"ר בוגרשוב להורות בה, ואחרי חדשים אחדים חזר לרוסיה וב-1906 עלה עם משפחתו להשתקע בארץ. תחילה התישב בחיפה, אך משמתה שם בתו הבכורה, בת 16 מקדחת, עבר עם משפחתו ליפו, ניהל את לשכת המודיעין של חובבי ציון ולשכת העליה ופעל במסירות להדרכת עולים להסתדר בארץ ולשדל תיירים בדבר השקעת הון והשתקעות בארץ, השתתף ביסוד המועצה הארצישראלית ויצג בה את ההנהלה הציונית, המשיך לפעול למען הגימנסיה "הרצליה", נסע להפיץ את מניותיה ברוסיה והיה חבר הנהלתה וי"ר הועד המפקח שלה. השתתף ביסוד השכונה "אחוזת בית" בין עשרה הראשונים, חבר הועדים הראשונים שלה