קל בעיניהם, ובמשך הזמן השלימו עם קיום עתונו, אם כי לא ביטלו רשמית את החרם שהכריזו עליו. ובןיהודה המשיך בפעולתו למען הלשון העברית, החל לאסוף חומר לשוני מכל מכמני הספרות העברית העתיקה והישנה בשביל יצירת מפעל חייו, המלון הגדול של הלשון העברית. וכשהיו לו ספקות בדבר מובנה של מלה סתומה בספרות התלמודית, היה פונה בשאלות אף לבני-סמך מבין חכמי הישיבות, והרב יעקב אורנשטיין היה יוצא מישיבתו "אהל משה" (קן הקנאים של סביבת הרב מבריסק) ועונה לשאלותיו. בתרמ"ח יסד, ביחד עם חבריו ביסוד ''תחית ישראל" (ראה למעלה), את האגודה "שפה ברורה" ובראש חודש אלול תרמ"ט יסדו את ועד הלשון העברית, שבן-יהודה היה ראשו הפעיל עד יום מותו, ובשנה הששים לקיומו הפך להיות האקדמיה ללשון העברית מטעם מדינת ישראל.
בכ"ב אלול תרנ"א מתה עליו רעיתו דבורה. קנאי האשכנזים, ששלטו על בית הקברות, סירבו לתת לה מקום לקבר, וכשנודע להם כי לבקשתו מוכנת החברה-קדישא הספרדית לקבלה לקבורה, מיהרו לחזור בהם מסירובם, לבל יראו האשכנזים שאפשר להסתדר במקרי מות, בלי תקיפי החברא קדישא שלהם. אחרי נצחונו זה נשאר שבור ורצוץ, בלי אם לשני ילדיו הקטנים ובלי החברה הנאמנה שסעדה אותו במחלתו המתמדת והרופא ניבא לו שהוא יוכל לחיות עוד חצי שנה ואסור לו לשאת אשה, אך הוא האמין ביעודו הגדול ולא היה בדעתו להסתלק במהירות כזו מהעולם. אז כתב לאחות אשתו, בת 19 בזמן ההוא, חניכת מוסקבה ומתבוללת למחצה, שמצבו לפי דעת הרופאים כך וכך ומצבו החמרי גם הוא אינו מזהיר, אבל הוא זקוק לרעיה בחיים ושני יתומי אחותה זקוקים לאם. והיא לא נרתעה מהצרות ומהיסורים הצפויים לה בירושלים ומסכנת ההתדבקות בשחפת שלו ומיהרה לבוא עם אביה לירושלים וביום ח' ניסן תרנ"ב נישאה לו, שינתה את שמה לחמדה בן-יהודה (קראו לה ביילה בל, פאולה) למדה עברית ואחרי שנים אחדות כבר עזרה לבעלה בעריכת העתון, פרסמה ספורים קטנים בהוספה לילדים, ניהלה את העסקים שיספיקו לפרנסת המשפחה, שקדה על שמירת הבריאות והחיים של בעלה ואיפשרה לו להתמסר לחיבור המלון השלם ולהוצאתו. גידלה כאם את ילדי אחותה יחד עם ילדיה שלה והיתה האם העברית השניה בארץ. (כשמתה בת אחותה בת 8 והיא הניחה זר פרחים על גופה, סירבה החברה קדישא האשכנזית לקבור אותה, בגלל החידוש שבמנהג "לא יהודי" זה. אז תפס בן-יהודה דקר ויצא לחפור קבר לבתו בגן ביתו, ושוב נבהלו הקברנים מפני התקדים המסוכן והסכימו לקברה בהר הזיתים).
האיבה השקטה לבן-יהודה מצד קנאי האשכנזים מצאה לה מוצא למעשה מגונה.
בגליון "הצבי" של ערב חנוכה נתפרסם מאמר מאת חותנו של בן-יהודה בשם "מצוות צריכות כוונה" (להחיאת המומנט הצבאי של נצחון החשמונאים במצוות חנוכה) ובו המליצה "נאסוף חיל ונלך קדימה". מלשינים תרגמוה לערבית: "נאסוף צבא ונלך על המזרח", - והחלו בהסתת לחישה, שעתונו של בן-יהודה מסית בגלוי למרידה צבאית במלכות הטורקית, הטילו אימה על החכם באשי רבי יעקב שאול אלישר , ששתיקתו להסתה זו עלולה להטיל את אשמת המרד על כל הצבור היהודי, ואז הודיע למושל ירושלים, כי הוא מסיר מעליו את האחריות בעד המאמר הזה. את כותב המאמר לא יכלו לאסור בלי משפט, כי הוא היה נתין רוסי, אבל בן-יהודה כנתין טורקי, נאסר לחקירה. הישיבה במאסר היתה עלולה לסכן את בריאותו וחייו ואז קם רעש גדול בעולם היהודי ובהשתדלות מרובה שוחרר בערבות עד למשפט ואח"כ נדונו הוא וחותנו לשנת מאסר. בינתים נפקחו עיני הקנאים לראות את הסכנה לכלל הישוב מהמלשינות הזאת. הבארון רוטשילד שלח כסף להוצאות הסניגוריה (ולפי אחת הגירסאות נתן הועד הכללי של "כנסת ישראל" של כוללות האשכנזים, לדרישת הרב הראשי רבי שמואל סלנט את הכסף), ובערעור שנתברר בבית-הדין בבירות בוטלה האשמה ובן-יהודה יצא זכאי והמשיך בעבודתו ר.עתונאית והספרותית, וביחוד בחיבור המלון. לשם איסוף כספים וחומר מדעי להוצאת מלונו נסע כמה פעמים לאירופה, רכש התענינות ועזרה גם מצד אנשי מדע לא-יהודים.
גם בישוב החדש לא היו כולם מרוצים תמיד בעמדתו בענינים צבוריים ומדיניים. בריב בין אכרי המושבות ובין פקידי הבארון עמד לצד הפקידות, כי בלי תמיכת הבארון לא ראה אפשרות קיום והתפתחות לישוב החקלאי, ומשום כך האשימוהו שמכר את עטו בעד התמיכה שהוא מקבל לעתונו מהבארון. בתקופת פולמוס אוגנדה היה הוא בעד אוגנדה ובלבד שעם ישראל יגיע לקוממיות מדינית במהרה, ואת דעתו זו הביע במאמריו ובחוברת "המדינה היהודית" (וארשה תרס"ה), שרכשה לו מתנגדים רבים. אולם "במלחמת השפות" עמד בתוקף לצד העברים נגד נדיבי חברת "עזרה" הברלינית, אף כי הם עזרו בהרבה להוצאת הכרכים הראשונים של מלונו בגרמניה והמלחמה בהשפעה הגרמנית היתה גם למורת-רוחו של השלטון הטורקי.
בראשית מלחמת-העולם א' ניסה לגלות נאמנות לטורקיה ועשה בעתונו תעמולה להתאזרחות היהודים, נתיני ארצות חוץ. אך כשהרגיש כי השלטון הטורקי אינו נותן אימון בו ובחששו למאסר ולרדיפות העלולים לקרב את קצו בטרם ישלים את מלאכתו הגדולה, יצא באייר תרע"ה לאמריקה ושם נשאר עד סוף המלחמה, ניהל תעמולה בעד ארצות ההסכמה נגד גרמניה וטורקיה, השתתף בתעמולת יהודי אמריקה לרכוש את תמיכת ממשלת ארה"ב לענין הציוני. אך בעיקר המשיך בעבודת המלון ואסף הרבה חומר בספריות הגדולות של ניו-יורק. שם הוציא בחוברת