פרופ' צבי בלקובסקי ואח"כ סעדיה גולדברג) שנתן אישורים לעליה לחברי החלוץ ולציונים מאורגנים. מ-1921 ועד 1930 היה מזכיר מרכז החלוץ ברוסיה ובאוקראינה, עורך עתוני החלוץ, השתתף בייסוד עשרות משקים חלוציים וסניפי החלוץ באוקראינה, ברוסיה הלבנה, בקרים ובמקומות אחרים (ביניהם המשקים "תל-חי", "מעין", "כרם יוסף" על שם יוסף טרומפלדור), וכן ארגן פעולה ציונית ועברית בין חקלאים ומתישבים יהודים במקומות רבים בכל רחבי רוסיה. כתב מאמרים בעניני צבור ב"איזווסטיה" ובעתון האגודות המקצועיות "טרוד" ונודע במסגנן ועורך מוכשר ברוסית. סיגנן כרך אחד של "האנציקלופדיה הטכנית" ועוד. בא במגע עם אנשי צמרת השלטון הסובייטים (בקשריו אלה נעזר ע"י פרופ' דוד שור) ואם אחדים מהם (סמידוביץ', קאמינייב, לארין) היו קשריו קרובים לידידות. במידה ניכרת סייעו קשרים אלה בידיו כדי להחזיק מעמד ולפעול בגלוי ובסתר למען החלוץ. היועצים היהודים של המפלגה הקומוניסטית (אנשי ה"ייבסקציה") הלשינו באיבה ארסית על כל תנועה חשודה בלאומיות יהודית הנושאת עין לשטח פעולה מחוץ לתחום שליטתם, והם הציגו בפני השליטים הרוסים את הציונות כתנועה נגררת אחר האימפריאליזם הבריטי, כתנועה ריאקציונית ואויבת להגשמת הסוציאליזם הסובייטי. מאידך היו רבים באנשי הצמרת, רוסים מלידה ומבטן מסוגלים יותר להבין, שהחלוציות היא תנועה כשרה ומועילה להעברת יהודים לעבודות עמל-כפיים ויש בה משום ביטוי להגדרה עצמית לאומית. ואכן נתקבלה הסברה זו של דן פינס על דעת יוסף סטאלין (שהיה אז המזכיר הראשי של המפלגה הקומוניסטית והקומיסאר לעניני הלאומית) בעת שנתקבל אצלו לשיחה ב-1923, ובתוצאה ניתן אישור רשמי לפעולות החלוץ בעניני הכשרה, תרבות ועליה. (פרשה זו מתוארת בספרו של דן פינס "החלוץ בכור המהפכה"). אך אנשי הייבסקציה לא השלימו עם מתן חופש לתנועה יהודית אחרת, לא שלהם, והשתדלו בכל הדרכים להשיג את חיסול התנועה בכח דעת הקהל ובכח השלטון. עוד ב-1920 כינסו בהוטל ועידה "בלתי מפלגתית" (בה השתתפו גם הסופר נתן גורן - אז גרינבלט - ודן פינס) , שבה הציעו לאסור את פעולות המכבי והחלוץ, אך אחרי נאום המחאה של פינס, נדחתה ההצאה ברוב גדול של בלתי מפלגתיים באמת והוסרה מעל הפרק. גם אחרי האישור הרשמי לפעולות החלוץ לא שקטו הייבסקאים, ולרדיפות הציונות מצאו להם עוזרים בין אנשי המשטרה הפוליטית (ג.פ.או.) עשרות פעמים נערכו חיפושים בבגדיו ובחדרו של פינס ועיכבוהו בתחנות רכבת במסעיו בין מוסקבה לסניפים ולמשקים חלוציים, אך מעולם לא מצאו אצלו שום דבר פסול שביקשו למצוא. - פעם, ב-1923, כשנעצר בתחנת הומל ובכיסו דפדפת מלאה כתבות של חברים וסניפים בסביבה, בלע את כל הדפדפת בדרכו עד בית-הכלא וה"מזון" הזה גרם לו מחלה, אך במהרה הבריא ממנה. נבחר על-ידי החלוץ ברוסיה לשני קונגרסים ציוניים ולועידה העולמית של החלוץ בדאנציג, אך לנסוע לא הורשה.
ב-1925 נשא לאשה את פייגה בת צבי טאכסה. באותה שנה שלח ברכה בשמו ובשם חברו יהושע אלטשולר (מאסירי ציון ברוסיה, שמאז מלחמת-עולם ב' נעלמו עקבותיו מעיני ידידיו שמחוץ לרוסיה) לעתון "דבר" שהחל אז להופיע בתל-אביב, ומאז שלח לעתון זה מכתבים, רשימות ולפעמים אף טלגרמות (בחתימות קולמוס, צפורן, דף, ועוד) , ובהשתדלותו ניתן רשיון להכניס למוסקבה יום-יום 100 גליונות "דבר", שנמצאו להם קוראים לרוב. [הרשיון בוטל כעבור שנה].
השתתף בויכוחים פומביים עם אנשי הייבסקציה באספות עם במוסקבה, בחארקוב, ברוסטוב ע"נ דון, בפוצ'פ, בהומל ועוד. נאסר בבריאנסק, בחארקוב, בויניציה, בהומל, בויטבסקי בסמולנסק, בקרים, במוסקבה, בייקאטרינבורג, בטומסק, ועוד. בכל המקרים ניסו אנשי ג.פ.או. להאשימו בפעולות בלתי-חוקיות כדי למצוא אסמכתא להחזיקו במאסר ולהפטר מהטורח המיגע להשיח עליו בתנועותיו החפשיות בחוץ, אך לא עלה בידם למצוא הוכחות נגדו ובגלל התערבות אישים חשובים לטובתו הוכרחו לשחררו.
במארס 1926 ארגנה הייבסקציה ברוסטוב ע"נ דון משפט צבורי פומבי על החלוץ, ומתוך תקוה שההמונים היהודים והאחרים יאמינו לנואמים הייבסקאים (שקיוו להיות שליטים יחידים על הבמה) בדבר הסכנה למולדת הסובייטית מצד החלוץ הנפשע הכינו מראש פסק-דין להרשעת החלוץ והציונות, שלפי חשבונם יתקבל פה אחד, החברים המקומיים הזמינו את פינס טלגרפית ממוסקבה והוא הופיע על הבמה כסניגור והצליח לשכנע את רוב הנאספים, וביניהם גם חברי הנוער הקומוניסטי "קומסומול" שהמפעל הציוני הוא מפעל אנושי-פרוגרסיבי, ופסק-הדין המרשיע נדחה ברוב דעות. זה היה כבר יותר מדי בשביל הייבסקאים ועוזריהם מאנשי הג.פ.או. ואז החליט הג.פ.או. לשלח את