חמישה חברי לח"י אחרים הועבר לעכו ושם הוחזק שלוש שנים בבידוד. אם קיוו הבריטים על ידי בידוד שכזה (חדשים רבים ללא קשר עם האשה האהובה מכל) לשבור אותו, הרי טעו טעות גסה. אצילותו הפנימית היתה כזו החיצונית. הוא מנצל את שנות המאסר להעמקת ידיעותיו העבריות, שלא ניתנו לו בחינוכו בנעוריו. הוא מגלה את עולם התנ"ך ורואה בו את שיא התרבות האנושית. עבריותו מתעמקת.
בשנת 1944 הוגלה יחד עם 251 עצורי לטרון לקניה ואחר כך לאריתריאה. שנות המאסר אשר לא יכלו לרוחו נתנו את אותותיהם בגופו. חלה במחלת קיבה קלה אך כל עזרה רפואית בזמנה לא הוגשה לו. הוא משתתף בינתים בהכנת התכניות לבריחה. המומעדים לבריחה סומכים הרבה עליו ועל כשרונותיו הדיפלומטיים אשר יהיו להם לעזרה בדרכי הבריחה. בקרב גולי לח"י נראים כבר אז סימנים ראשונים לחילוקי דעות בבעית המשטר וביחס להשקפת העולם המרכסיסטית הוא רואה את עצמו כיורשו של יאיר ומתנגד לסטיות מתורת מפקדו המנוח.
בינתיים גברה מחלתו. נלקח לבית החולים באסמרה. שם ניתן לו טיפול זדוני. הוא מרגיש זאת ודורש את החזרתו למחנה העצורים. באמתלת הצורך ברפויו בקשתו לא ניתנה לו והוא מת אחר אחת הזריקות החריפות שהיו מרפאים אותו בהן, בי"ט בניסן תש"ה.
עצמותיו הועלו ארצה בי"ט באלול תש"ט ונקברו בירושלים בכ"א באלול תש"ט, בבית הקברות בשיך באדר יחד עם עצמות שאול הגלילי ואליהו עזרא שנרצחו על ידי שומרי המחנה באסמרה.
ד"ר מרדכי מרגליות
נולד בוארשה, פולין, כ"ח תשרי תר"ע (1909), לאביו ר' יונה (ממשפחת רבנים עתיקה) ולאמו אסתר בת ר' משה צבי יאניש. עד גיל 10 שנים למד בחדרים בוארשה ובשנת תר"פ עלה לארץ עם הוריו. למר בבית-הספר תחכמוני בת"א, ובשנות 1927/28 בבית-המדרש למורים מזרחי בירושלים והוסמך למורה. בשנות 1929/33 למד מדעי היהדות באוניברסיטה הירושלמית והוסמך בה למדעי הרוח וב-1937 קיבל בה בין גומריה הראשונים את התואר דוקטור לפילוסופיה על סמך ספרו הראשון "החילוקים שבין אנשי מזרח ובני ארץ-ישראל" (יצא בדפוס בשנת 1938). היה מורה בביה"ס הריאלי תחכמוני בת"א, בביה"ס התיכון בבית הכרם ובביה"ס מעלה בירושלים, וכעת מורה לתלמוד וחבר מחקר באוניברסיטה בירושלים.
בתרצ"ה נשא לאשה את רחל בת הרב דוד נחמן קולידיצקי, ששימש ברבנות בכמה קהלות בליטא.
ממשיך בעבודתו המדעית ופרסם מאמרי מחקר בידיעות החברה לחקירת א''י ועתיקותיה, ברבעון "קרית ספר" ובקבצים ובכתבי-עת שונים. ביקר בספריות אוכספורד וקמברידג', חקר בהן את אוצרות ה"גניזה" ואסף חומר לספרים ולמחקרים שהוציא ושיוציא.
ספרו השני "הלכות קצובות" המיוחס לרב יהודאי גאון יצא בשנת תש"ב בהוצאת האוניברסיטה העברית, שהעניקה לו בעדו את פרס-וייגר, הניתן אחת לעשר שנים לספר מדעי חשוב בחכמת ישראל. כפי שהוא מוכיח במבוא הרי זה הספר העברי הראשון שנתחבר על אדמת אירופה, וממנו מתגלים דבר קיומו ושיטותיו ומנהגיו של המרכז הראשון לתרבות ישראל באירופה, בדרום איטליה, שקדם בשלשה יובלות שנים למרכז שקם בקהלות מערב אשכנז (וורמיזא, מגנצא) וקיבל את השפעתו לא מישיבות גאוני בבל אלא מהמרכז, הנעלם כמעט, שהיה בימים ההם בא"י. בעריכתו יצאו ה"אנציקלופדיה לחכמי התלמוד והגאונים" (2 כרכים, יצאו בשתי מהדורות ונמכרו כולן) ו"אנציקלופדיה לתולדות חכמי ישראל" (עד עתה 3 כרכים). בתש"ז פרסם בהוצאת מוסד הרב קוק את הכרך הראשון של "מדרש הגדול" (אוצר של מדרשי הלכה ואגדה על התורה, שנשתמר בידי יהודי תימן ומשלים את החסר בספרי המדרשים שבידי היהודים ביתר הארצות על פי 15 כתבי-יד עתיקים, עם חילופי נוסחאות והערות) בעד ספר זה קבל את פרס הרב קוק של עירית ת"א, וקודם לכן קיבל בהזדמנויות אחרות את פרס ביאליק ופרס וארבורג, הניתן לכוחות-מחקר מעולים