הבריטית ברומניה ושל מיניסטריון החוץ בלונדון.
עם פרוץ מלחמת העולם השניה מציע למטה העליון של הצבא הפולני להקים גדודים מיוחדים של נוער עברי למלחמה בגרמנים. מנסה גם להעביר את מושב נציבות בית"ר מורשה ללובלין. התפוררותה המהירה של פולין שמה קץ לכל התכניות. לאחר שעלה בידו להגיע ללבוב עושה מאמצים בכדי לארגן, דרך הגבול, יציאה לרומניה. בלבוב נאסר ולאחר שלא היתה ידועה לחוקרים זהותו האמיתית עלה בידו להשתחרר ולהגיע לוילנה שהיתה למרכז פליטי פולין.
בהיותו בוילנה מארגן הוא את הבית"רים שהגיעו מכל קצות פולין ומחפש את הדרכים להגיע לארץ-ישראל. ביום הזכרון של הרצל וביאליק הוזמן להרצות באולמי האוניברסיטה בוילנה - וזו הפעם הראשונה בתולדות האוניברסיטה על שמו של המלך הפולני סטפן בטורי להשמיע נאום בעברית או באידיש. בזמן שליטה עברה לשלטון הסוביטי הגיעה הידיעה כי זאב ז'בוטינסקי נפטר. למרות הסכנה הברורה מופיע מנחם בגין בבית הכנסת הגדול בקובנה בנאום הערכה והספד. ביום השלושים הוא קורא לפגישה סודית של בית"רים בבית-העלמין בוילנה ושיר בית''ר והתקוה נשמעים תחת השלטון הסוביטי.
ממשיך בפעולות ציוניות עד שבסוף שנת 1940 נאסר על-ידי הבולשת הסוביטית ולאחר שנאשם בציונות רביזיוניזם ובהיותו נציב בית"ר בפולין, שירת ל"אימפריאליזם הבריטי" - נדון ל-8 שנות מאסר. עד יוני 1941 הוחזק בבית-הכלא הנודע לוקישקי בוילנה ומשם הוגלה למחנה רכוז בצפון רוסיה (פיצ'ורה) והועבד בפרך בסלילת מסילות ברזל בערבות הצפון. על סף החורף נשלח בספינות אסירים פוליטיים לעבודה על חוף ים הקרח.
כתוצאה מהסכם סטלין-שיקורסקי שוחרר כאזרח פולני ולאחר חדשי נדודים במחסור ורעב התגייס לצבא הפולני והגיע לארץ-ישראל. כאן נפגש עם אשתו, שהצליחה להגיע לארץ-ישראל.
בהיותו עוד במדי הצבא הפולני נתמנה כנציב בית"ר בארץ-ישראל ולאחר ששוחרר מהצבא הפולני נמסר לידו הפיקוד העליון של הארגון הצבאי הלאומי בארץ-ישראל (ראה דוד רזיאל - כרך שני, עמוד 976).
כמפקד הארגון הוא מכין יחד עם חברי המפקדה הראשית את התכנית המפורטת למלחמה נגד השלטון הבריטי. נעשו הצעדים החנוכיים והארגוניים להכין לוחמים ומפקדים שיבצעו את הפעולות הדרושות באומץ, בהקרבה ובהכרה בצדק מלחמתם. רכישת דעת הקהל, אהדתו של הישוב ונכונותו של הנוער להצטרף לשורות המורדים היו ליסוד צעדיו הראשוניים של מנחם בגין. מפקדת הארגון ראתה את פעולות המחתרת כמלחמה פוליטית באמצעים צבאיים לגרש את השלטון הזר מהמולדת. והסיסמה הפכה למעשה. בראשית 1944 הופיעה הכרזת המלחמה של האצ"ל על השלטון הבריטי בארץ. החלו פעולות הפיצוץ שפגעו במוסדות השלטון והכו קשות בפרסטיג'ה הבריטית.
היקף הפעולות התרחב, האצ"ל גדל במספר חייליו ואוהדיו והמחתרת הפגינה את חוסר האונים של הבריטים שנוכח עמדתו של הנוער העברי אינם מסוגלים לקיים את השלטון בארץ.
אומץ הלב, ההעזה וההקרבה של הלוחמים, ההסברה והתעמולה הנכונה והמשכנעת הוסיפו אוהדים ורכשו את דעת הקהל. עמדתם הקשיחה של הבריטים כלפי בעית הצלת היהודים מארצות שנכבשו על-ידי הגרמנים והשמדת היהודים, יחסם לישוב, והפוליטיקה הכללית שלהם עוררו תסיסה בין הנוער ה"מאורגן" של ה"הגנה" שדרש תגובה. כדי לשבור הלך-רוח זה ולהבטיח את השלטון הפנימי על הישוב, הכריזו "המוסדות המאורגנים" ומפקדת ה"הגנה" מלחמה על ה"טרוריסטים". הוכרז על בדודם.
ממשלת פלשתינא-א''י הכריזה על פרס של 10.000 ל"י. אך למרות המנגנון הגדול והאמצעים הכספיים לא עלה בידה לקבל אינפורמציה על מקום המצאו של מפקד האצ"ל. באותו זמן מתגורר בגין בשכונת חסידוף בפתחתקוה בשם "הלפרין", בתור עורך-דין מחו"ל הלומד ומתכונן לבחינת עורך-דין לפי חוקי הארץ. רק חברים בודדים של מפקדת האצ"ל היו מבקרים אותו ולאחר שהמקום לא היה עוד בטוח עזב ועבר לדור ברחוב יהושע בן- נון מס' 5 בתל-אביב. בבית זה התגורר בתור יהודי חרדי, מגודל זקן ושמו ר' ישראל ססובר . בבית זה הסתתר בבונקר בזמן העוצר הגדול שערך הצבא הבריטי אחרי פיצוץ מלון "המלך דוד". בקרבת ביתו היתה תחנת ריכוז ובקורת של המפקדה האזורית של הצבא הבריטי ובקפדנות נבדקו כל הדיירים שגרו באיזור הזה.
החטיפות והעינויים, החרמת הנשק והפרעות בפעולות גרמו לתסיסה בשורות האצ"ל וחייליו דרשו תגובה מידית למעשי תגמול וכו'. רק השפעתו והסברתו שכנעו את אנשי האצ"ל כי פעולות תגמול יביאו רק למלחמת אחים ויביאו תועלת רק לאויב הבריטי.
עמדתו זו אפשרה בשנת 1945 להקים את "תנועת המרי" בה השתתפו ה"הגנה" האצ"ל והלח"י. בוצעו פעולות בעלות היקף רחב. נפגעו צנורות הנפט, קוי