(חברה זו פעלה בשיתוף עם חברת כי"ח, באשר המטרות הסופיות של שתיהן היו קרובות זו לזו: לרומם את היהודים משפל מצבם ולעזור להם למצוא את מקומם בעולם, ועסקני שתי החברות קמו מתוך חבורת הפילאנטרופים היהודים שוחרי טובת עמם, שעל פי רוב היו הללו פעילים במרכזים של שתי החברות). על אף גילו הצעיר תלתה חברת יק"א תקוות רבות ביכלתו ובידיעותיו ושלחה אותו, יחד עם מר דניאל ספורטה , ליסד את בית-הספר החקלאי "אור יהודה" ליד איזמיר שבטורקיה להכשרת צעירים יהודים מטורקיה ומארצות אחרות לעבודת האדמה, כדי שיוכלו להתנחל במושבות שהחברה יסדה ואמרה ליסד עוד בארצות שונות.
באותה תקופה נלאה הבארון בנימין (אדמונד) רוט שילד ("אבי הישוב") לנהל בעצמו את עניני המושבות בארץ ישראל בגלל הצרות המרובות שהיו לו עם האכרים והפקידים שלו. החקלאות בחלקה הגדול לא נשאה את עצמה והאכרים הנחשלים סמכו יותר מדי בחישוביהם ובתביעותיהם על קופתו הבלתי-נדללת של הבארון, ואילו הפקידים היו ברובם זרים ברוחם לרעיון הלאומי שבהתישבות היהודים בארץ, ומתוך כך קמו כל מיני סכסוכים וסיבוכים, שהמנגנון המרכזי של הבארון לעניני המושבות לא יכול להם, והוא עצמו נדרש במקרים מרובים מדי להתערב אישית במהלך הענינים. לפיכך מסר את ניהול מושבותיו לידי חברת יק"א בעלת המנגנון והנסיון בפעולות מעין אלה, ואם כי הוסיף לתמוך בסכומים גדולים בפעולת ההתישבות בארץ באמצעות יק"א, ידעו האכרים שנגמלו מעטיני הקופה הבארונית ומעתה עליהם לנהל את משקיהם ביתר משקיות ואחריות. אז יסדה יק"א את החוה בסג'רה, כדי שמועמדים להתישבות על קרקעות יק"א (הבארון) יתאמנו ויתמחו בה בעבודה חקלאית בתור פועלים שכירים המוציאים את לחמם בזיעת אפים מן הארץ, וב-1901 מינתה את האגרונום אליהו קראוזה למנהל החוה. התנאים היו קשים מאד: אדמת זיבורית, חוסר מים, שכנות רעה של כפרי ערבים ומאהלי בידואים, חוסר בטחון בדרכים ואף ברכוש ובחיים - אותם התנאים, הצפויים לאנשים לכשיתישבו על אדמות החברה בגליל, ובתנאים אלה התחיל קראוזה לנהל את החוה, הניח ביסוד המשק את הפלחה וצירף אליה גידול בקר ועצי פרי.
נשא לאשה את חיה בת יהודה ליב חנקין (ראה כרך ב', עמ' 679) ואחותו של יהושע חנקין (ראה כרך ב', עמוד 752), וכך הגיע הוא, חניך כי"ח ואיש הפקידות (אך בעל מסד נפשי לאומי מבית אביו וממשיך בהתענינותו בנעשה בתנועת חיבת ציון והציונות), לקשרי משפחה עם בתי חנקין, בלקינד ופיינברג , הבילויים וראשי המתקוממים נגד העריצות הפקידותית והרודנית הנדבנית בשעתה.
אמנם בתנאים שקבע הבארון בעת מסירת אחוזותיו בארץ-ישראל לניהולה של יק"א ודאי היו גם הוראות בדבר מגמתה הלאומית של התישבות זו, נוסף למגמות הכלליות של יק"א ביתר ארצות פעולתה (מגמה פילאנ טרופית לעזור ליהודים מסכנים בעלי פרנסות-אויר להשתרש ולהתבסס בחיי-כפר בריאים ואיתנים, וגם מגמה עדתית-אפולוגטית לסתור את טענות האנטישמיים בדבר "טפיליותם" של היהודים, שהם נמנעים מעמל-כפים קשה ונדחקים לעיסוקים קלים ומכניסים יותר). אך הפקידות של יק"א לא יכלה להפוך את עורה ולסטות כאן מהשיטה הכללית של עבודתה. והנה בא אליהו קראוזה ובעבודתו המעשית בחוה הסג'ראית הקטנה נתן את הכיוון הלאומי החלוצי לעבודת יק"א בארץ, אף בניגוד להוראות ולמגמות של המרכז הפריזאי. "מדיניותו" זו היתה כרוכה בסיכון מעמדו ובהרבה קשיים אובייקטיביים, אך הודות לעזרת רעיתו, שהיתה לו "עזר שלא כנגדו ", ולעצות הטובות של יהושע אחיה, עלה בידו לבצע את מדיניותו במינימום של חיכוכים עם הפקידות העליונה, ולפעמים אף בלא ששאל את פיה אלא העמיד אותה לפני עובדות מוגמרות, שהצלחתו בהן אישרה את הקו שלו וסתמה כל טענות נגדו.
באותה תקופה החלה העליה השניה, שהביאה בין פליטי המצוקה היהודית הכללית ברוסיה גם חומר אנושי מעולה של חלוצים בעלי עיקרונות לאומיים וסוציאליים מגובשים, בהם גם בעלי ותק ונסיון בתנועת "פועלי ציון", שנחשבה כתנועה מהפכנית ונרדפה ברוסיה, והללו חתרו גם כאן לקראת מטרות ברורות משלהם ולא נטו לשמש אובייקטים לפעולות-החסד החסודות של האדונים הפריזאים ולשליטת עושי דברם כאן. ואותם מהם שבאו להכשרה חקלאית בחות סג'רה, מצאו אצל המנהל קראוזה אוזן קשבת ויד תומכת ועוזרת.
הוא נענה להצעתם למסור להם את עיבוד אדמת החוה על אחריותם הקיבוצית, וכך נוסד ה"קולקטיב"ארגון קואופרטיבי של פועלים חקלאיים - הראשון בהתישבות היהודית, שממנו צמחה אח"כ ההתישבות הקיבוצית בארץ. ההנהלה הראשית בפריז ודאי לא הסכימה לצורת-משק כזו. הן זכורה עוד פקודת גירוש