פרצה מלחמת העולם א' והשביתה את הכל, והוא הוכרח להפסיק את התערותו הנפשית בחיי הארץ, שהעניקה לו אושר, לחזור לאירופה עם משפחתו ולשרת כקצין-מילואים בצבא האוסטרי בכל שנות המלחמה.
אחרי המלחמה עבד זמן-מה במכון לבדיקת חמרים בליכטנפלדה שבגרמניה וניהל את עניני "איגוד המהנדסים היהודיים למען בנין ארץ-ישראל". בינתים חידש את מאמציו למצוא לו שדה-פעולה בבנין הארץ, שלח תזכירים לאכסקוטיבה הציונית שבלונדון ובהם מחקרים והצעות בכמה בעיות טכניות חשובות לבנין הארץ, ובסתו 1919 חזר ארצה עם משפחתו כממונה מטעם האכסקוטיבה לנהל את המחלקה הטכנית שליד "ועד הצירים" בירושלים ונתן מידיעותיו לביוב חלק של ירושלים העברית ולתיכנון והדרכה טכנית והידרו-טכנית בישובים החקלאים הקיימים ושקמו אז. ומשנסגרה המחלקה באביב 1921, בגלל דוחק כספי של ההנהלה הציונית, נשאר כמהנדס אזרחי פרטי בירושלים, ותוך כך נמשך יותר ויותר לעבודת השלמת בניני הטכניון בחיפה והכשרתו ליעודו. פרסם חוברת על תפקידי הטכניון בבנין הארץ, והואיל והמוסדות המרכזיים של התנועה הציונית התרשלו בביצוע החלטת ועידת לונדון מ-1920 להשלמת הטכניון וציודו אחרי שעבר לרשות ההנהלה הציונית, יצא בקיץ 1922 בשליחות הועד המקומי החיפני לאירופה עם משפחתו (שנוספה לה בתו לאה שנולדה בירושלים) לגייס את העזרה הדרושה להשלמת המפעל. לפי תכניתו היה עליו לשהות באירופה כתשעה חדשים לכל היותר, אלא שכלפי האיטיות בהיענות לקריאותיו ובפעולות והתערערות המצב הפיננסי באי רופה המרכזית היה תוקף לחישוביו והוכרח להשאר באירופה כשנתים. פרסם ב-1923 עוד חוברת בענין הטכניון והרצה עליו באותה שנה בקונגרס הציוני ה-13, ותוך מאבקו הקשה מת עליו בנו.
בתעמולתו הצליח אפילו בחוגים מתבוללים ועלה בידו לרכוש ציוד יקר-ערך לטכניון, למעבדות ולבתיהמלאכה שלו, וכשחזר ארצה בקיץ 1924 התמסר לעבודות ההכנה לפתיחת הטכניון. ואף כי גם לדעת "מועצת ההנהלה" הלונדונית היה המתאים ביותר בין עשרים המועמדים לכהונת מנהל המוסד, מינתה המועצה למנהל את המהנדס בלוק מאנגליה, כדי להבטיח את ביצוע שאיפת יהודי אנגליה ששלטו במועצה, שהמוסד יעמוד על רמה צנועה של בית-ספר למלאכה, ואילו הקר נתמנה לסגן המנהל ולמנהל מחלקת הבניה, ורק כעבור שנה יהיה מנהל המוסד כולו. כנגד זה דרש "הועד המנהל הארצישראלי", שהמוסד יתחיל מיד בהוראה ברמת בית-ספר גבוה, ,ובסוף נתקבלה פשרת הפרופ' וייצמן , ברוח הצעתו המקורית של הקר , שהטכניון יהיה מוסד-הוראה תיכוני לטכניקה ולהכשרה אינטנסיבית לפועלים מקצועיים - ובמגמה זו החלה ההוראה בטכניון סמוך לסוף שנת 1924.
השנה הראשונה עברה על המוסד תוך קשיי התחלה וגישושי דרך, חוסר מורים יודעי עברית, חוסר טרמינולוגיה מקצועית, צמצום חמור בכספים בגלל התרשלותה של המועצה הלונדונית וחיכוכים עיקרוניים מתמידים בין המנהל בלוק ובין סגנו הקר , שהמציאות הטילה עליו את עול הניהול בפועל בלי הסמכות והאמצעים הדרושים, ביחד עם העבודה הקשה למדי שבהוראת שני מקצועות במוסד. בשנה השניה והשלישית כבר היה הוא מנהל המוסד, ואחרי שהתפרקה "מועצת ההנהלה" הלונדונית, שוחרת הצמצום והרמה הנמוכה, ואף האכסקוטיבה הציונית לא גילתה נכונות לקבל עליה אחריות ממשית לקיום המוסד, שמחסוריו וגרעונותיו גדלו והלכו, גברה יד הועד המנהל הארצישראלי, שחידש את תביעתו להעלאת המוסד מיד לרמה אקדמאית. הקר התנגד לכך, באשר לדעתו זקוק המוסד להתפתחות הדרגתית ולגידול ניכר באמצעים כספיים וטכניים וכו' בטרם יוכל להכשיר מהנדסים לפי הרמה המקובלת בעולם, שלעת עתה אין מחסור בהם בארץ מחניכי בתי-אולפנא נודעים באירופה. האכסקוטיבה ואחריה הועד הפועל הציוני - אישרה את עמדתו, אך לא תמכה בו בגלוי ובסוף הקריבה אותו ליריביו, שתקפו אותו אישית והאשימוהו ב"התנגדות עיקשת" להעלאת הטכניון לרמת יעודו הגבוה, לשמש עלה דפנה נוסף בזר התפארת הלאומית, שהיה אז נחוץ יותר לתעמולה ולעידוד עצמי של הישוב הדל מאשר לצרכים המעשיים של בנין הארץ, - וניהול המוסד נמסר לידי ראשי התנועה למען בית-ספר גבוה מיד. אז ויתר גם על המשרה שהוצעה לו כמורה במוסד ונפרד מהמפעל שהקדיש לו את מיטב שנות עבודתו. רק סיפוק כלשהוא ניתן לו בהחלטת הועידה הארצית של אגודת האינג'נרים והארכיטקטים (אוקטובר 1927), שהצדיקה