מו''מ עם שלטונות לונדון הותרו להישאר בארץ.
יתר המעפילים הורדו תחילה למחנה המעצר בעטלית ומשם הובלו, לאחר התנגדות נמרצת ונואשת, לאניות גירוש ושולחו למאוריציוס, ב-9 בדצמבר 1940.
אפשרויות הפעולה בארץ בענין המעפילים היו מוגבלות מאד (כדברי אליהו גולומב בישיבת הועדה הפוליטית של מפא"י ב-21/11/40). שביתת הרעב שהוכרזה על דעת המעפילים עצמם באניה, הפגנת קרובי המעפילים וכ'ו לא השפיעו על הממשלה שגילתה מידה רבה של חוסר התחשבות בחרדת היהודים לגורלם בארץ ולגורל אחיהם שנמלטו מן התופת הנאצי.
מאז - נהפך שאול ליהודי הנודד. נע ונד הוא למרחקים, אף שבריאותו אינה מרשה לו זאת. "ההעפלה והצלה" הצילה הרבה יהודים, רבים הגיעו לארץ, שאול וחבריו השקיעו ומשקיעים עבודה רבה, עבודה מסוכנת בהחלט...
בשנות 1928-29 הטילו עליו משקי עמק הירדן את הטיפול בכיבוש קרקעות. צמח, יחד עם אנשי משרד הקהק''ל בחיפה. הפעולה לרכישת קרקעות בצמח החלה עוד שנים קודם לכך והיתה כרוכה בקשיים ובסיבוכים רבים. קרקעות צמח היו מחולקות לחמשה גושים יסודיים. כל גוש היה מחולק שוב לערך ל-80 חלקות בלתי שוות, לפי מספר הפלחים שבכפר. לכל פלח היתה חלקה כמעט בכל גוש. הקהק''ל רכשה חלקות ושברי חלקות מבעל-נכסים מצרי ("הקונט"), שרכש אותן גם הוא מידי הפלחים. הבלבול היה רב. גבולות מדויקים בין החלקות לא היו. הפלחים נהגו להשיג את גבולותינו ולזרוע את חלקותינו והיתה סכנה שהיהודים יאבדו את השליטה הממשית על האדמות שהיו רכושם מבחינה חוקית פורמלית. שטחי קרקע מרוכזים ליסד עליהן נקודות ישוב חדשות שתבטחנה את השליטה על הקרקע - למעשה לא היו. זה היה סבך שבסבך, ג'ונגל...
שאול נכנס לפעולה זו בחוסר כל נסיון קודם, נקרא תחת לחץ ההכרח והתביעה הנמרצת של משקי הירדן, המשיך בה למעלה משנה. הזמין לעזרתו את המומחה לערבים, יוסף פיין, יליד מטולה, חבר דגניה א' (ראה עליו ערך מיוחד בכרך זה), והחלו להתיר סבכים וליישב סכסוכים ולהביא לכלל הסכמה והבנה - מתוך שמירה מוחלטת על הזכויות של הקהק''ל והמשקים. ועקב פעולתם המשותפת באותה שנה, תקעו יתד נאמן באדמות צמח.
עם תום מאורעות תרפ"ט (1929) כשריכזו ההגנה את הנתונים המספריים על מצב הזיון של הישובים העברים - הצטיירה תמונה קטסטרופלית של כמות הנשק, איכותו וכמויות התחמושת. המצב בארץ היה בלתי יציב ביותר ואיש לא ידע מה אורך "ההפוגה" שלרשות ההגנה. יום-יום חששו להתפרצויות חדשות. ויש לזכור, שבאותם מאורעות נעשו שחיטות איומות: בחברון ובצפת, ונעזבו - חברון, חולדה, באר-טוביה, כפר אוריה ועוד.
ברור היה שיש לאמץ את כל הכוחות להרבות את כמויות הנשק שברשות ההגנה. נשלחו שליחים לחו"ל לחדש את פעולת הרכש שם, אך היה ברור, שהמקורות האלה (החשובים כשלעצמם מאד) לא יתקנו את המצב לאלתר. הכרח היה, איפוא, להסתער על האפשרויות לרכישה בארץ ובסביבותיה.
לרוע המזל גרמו המאורעות לניתוק קשרים עם מקורות רכש ערביים רבים. אישים שונים שהיו יכולים להיות לעזרה רבה בפעולת הרכש - מנעו מכמה סיבות את סיועם, לא היתה תקוה להשגת כמויות רציניות של נשק ממשלתי להגנת הישובים (לאחר מאמצים רבים הוענקו לישובים כשש-מאות רובים חצי צבאיים ה"גרינר-גאנים" המפורסמים). הישובים זעקו למרכז ההגנה "הב נשק" - ומחסני ההגנה היו ריקים מכל...
על שאול הוטל התפקיד לרכז את פעולת הרכש בצפון הארץ. פנה ל"מומחים" וביניהם גם ליוסף פיין, והחלה הפעולה במרץ רב, ונשק נרכש, ועל פי רוב מ"השכנים", מעורכי הפרעות...
את מרבית הנשק הכניסו למחסני מרכז ההגנה, בכנרת ובדגניה, ומשם "פוזר" בעגלות ובכלי רכב לכל קצווי הארץ.
במאי 1937 לקח חלק פעיל בהשתדלות להחזיר לשורות ההגנה, מפקדים ופעילים מ"אירגון ב' שעזבו את ההגנה בשנת 1931 (קבוצת אברהם תהומי "גדעון") ונתמנה יחד עם תהומי למרכזי ההגנה.
באביב 1938 בעצם התנקשויות הדמים, לאחר מאמצים רבים נרכשה אדמת "חניתה" והוחלט להאחז בה. בישוב שרר דכאון ודרוש היה מעשה אשר יבליט באופן סמלי ולמעשה כאחד - שפעולת ההיאחזות שלנו בארץ נמשכת. חניתה היתה בימים ההם רחוקה. הנקודה הקרובה אליה ביותר - היתה "נהריה". כדי להגיע לחניתה צריך היה לעבור כמה כפרים שהיוו אז מרכזי כנופיות. מהכביש הצפוני לא היה גם ענף - כביש לאותו משטח על רמת הגבעות שנקבע כמקום האחזות ל"חניתה תחתית".
ההגנה קיבלה על עצמה ארגון העליה הזאת על הקרקע. שאול , שחזר רק זמן קצר לפני כך משליחות בחו"ל החליט להצטרף לעולים לנקודה החדשה, המסוכנה באותם הימים. שהה בנקודה עשרת הימים הראשונים, שהיו המכריעים, ושימש בהם למעשה בא-כח מרכז ההגנה במקום. בעשרת הימים הראשונים, נבנו החומה והמגדל והוקמו הביצורים והגידורים, הועבר צנור המים לישוב, נסללה דרך עד הנקודה (ע"י סולל בונה), הוקמו אהלים ונבנו הצריפים הראשונים.
עצם ההיאחזות נעשתה בתנאים קשים בלתי רגילים. בלילה הראשון - בחצות, נפתחה עליהם התקפת אש חזקה. חבר אחד נהרג בעמדה, חבר שני נפצע קשות ואח"כ מת מפצעיו. וחדשים עוד נמשך אח"כ מצב המצור על הנקודה, אך הקבוצה נאחזה במקום סופית. חניתה שימשה זמן ממושך בסיס חשוב לאימון אנשי פו"ש, טוראים ומפקדים.
לקח חלק פעיל בהקמת התעשיה הצבאית (ה"תעש")