ז'ין, בה רוכזו טובי המוחות של הנוער הלומד, בלט גם שם בכושרו שעלה בהרבה על הממוצע הגבוה גם הוא, ונודע בכינוי "העילוי מפינסק".
נשא לאשה את מיכלה, ובזיווג שני נשא לאשה את שרה בת הגביר ר' אליעזר ליפמן זאב שולמן מברדיצ'ב.
המשיך ללמוד וללמד ברמה גבוהה, ולמרות גילו הצעיר היו גדולי התורה משתפים אותו בעיונים בבעיותיהם בש"ס ובפוסקים. כן נודע כחזן בעל קול אדיר ונעים וגם במקצוע זה הגדיל לעשות בחיבור לחגים לכמה תפלות של ימים נוראים.
אחרי שאביו ושני אחיו הצעירים ממנו, רבי יוסף אליהו (ראה ערכו בכרך זה) ורבי שמחה עלו לארץ בשנת תרמ"ג והתישבו בירושלים. ואחרי פטירת אביו בירושלים, כ"ב טבת תרמ"ו (1886), עלה גם הוא בחודש אלול של אותה שנה, ומיד נגש ליסד ישיבה שתקרא לזכר אביו בשם "תורת חיים'' (נפתחה בחשון תרמ"ז). לעומת הישיבה האשכנזית הותיקה "עץ חיים'', שהיתה כעין בית-אולפנא "סטנדרטי" לכל הדרגות, למן לימודי היסוד (בת"ת) שלה ועד להכשרת מורי הוראה, נועדה ישיבה זו לדרגה הגבוהה בעיקר לפיתוח כשרונות ולהעלאתם לרמת-הלימוד הגבוהה של המיסד, כעין "אקדמיה" להשתלמות גבוהה, ובהתאם לכך היתה גם התמיכה ללומדים גבוהה מבישיבה רגילה, ובמשך הזמן העמידה תלמידים למאות ולאלפים, שרבים ביניהם הצטיינו בשרותם ברבנות בארץ ובתפוצות. לאחר זמן הוסיף לישיבתו גם "מכינה" לבחורים, שכבר בדרגת-הלימוד ה"תיכונית" יקבלו הכשרה ללימודים הגבוהים לפי השיטה הנהוגה בה.
בתחילה שכנה הישיבה בבית-הכנסת שב"בתי מחסה", עברה לרחוב חב"ד, חזרה ל"בתי מחסה". אך גידולו של המוסד הצריך בנין מיוחד ומתאים לצרכיו, ובעזרת שני הגבירים מברדיצ'ב, ר' משה דב חולודנקי ור' אליעזר ליפמן זאב שולמן (חותנו של ר' יצחק ראש הישיבה) נבנה הבית הגדול של הישיבה, שנחנך בי"ח ניסן תרנ"ד (אפריל 1894).
מקומו של הבית קבע חשיבות מיוחדת לעצמו. זה היה בתוך העיר העתיקה, לא רחוק מהכניסה אליה בשער שכם, בדרכם של תושבי שכונות הצפון (מאה שערים ואגפיה) לכותל המערבי, ברחוב שנקרא אז בשם "רחוב חברון", בתחום הרובע המוסלמי ובקרבת הרובע הנוצרי, מרוחק קצת מרובע היהודים שבעיר העתיקה. חזית הבנין היתה בקו "דרך היסורים" (ויא דולורוזה) המקודש לנוצרים, בין התחנות הרביעית והחמישית. בקרבתו ממש עמד (ועומד גם כיום) בית-היראה האפיסקופאלי של היונים הקתולים, והואיל והשלטון הטורקי מנע מאותו בית-יראה את הרשיון להשתמש בפעמונים, נמנעה הפרעת הצלצולים מהלימודים ומתפללים בהיכל הישיבה, והנוצרים הוכרחו להשתמש בבית-תפלתם זה ב"נאקוס" (כלי-נקישה של עץ, כפי שהשתמשו בכל בתי-תפלתם בארץ במשך כאלף ומאתים שנה של השלטון המוסלמי, שלא הרשה להם את הצלצול בפעמונים במקום שהואיל לתת, אבל כאן לא הואיל). אחרי הכיבוש הבריטי ביקשו רשיון לפעמונים, אך השלטון הבריטי, שהתיחס בשמרנות לגבי זכויות קיימות מימי השלטון הקודם, התחשב בהתנגדות הישיבה להפרעות בביתה ובעבודתה מפאת הצלצולים ומנע את הרשיון, וכך סבלה הכניסה הנוצרית הגבלות "גלות" בתוך "ויא דולורזה" בשל התנגדות השכנים היהודים. והנוצרים, שעברו בסיורים ובתהלוכות דתיות ברחוב המקודש להם ממקום מושב השיפוט של הנציב פילאטוס עד לכנסית "הקבר הקדוש" (שעד לערעור קבלתם העתיקה על-ידי התגליות והמדע נחשב כמקום הצליבה והקבורה של מיסד דתם), היו שומעים קול תורה בוקע החוצה מהבית הזה. הודות לקרבתו של הבית לשער שכם וההגנה המשטרתית בסביבה משום שהיו מהלכים בה הרבה תיירים ותושבים נתיני חוץ, היתה הגישה אליו נוחה ובטוחה יחסים ללמדי הישיבה ממקומות מגוריהם בשכונות הצפון, שבדרכם לעסוק בתורה בשטח המקודש שבתוך החומה ובקרבת הר הבית (צפונית-מערבית לו), לא היו צריכים לעבור באזור עזוב של ישוב מוסלמי פרוע, שפגיעתו היתה רעה לזרים, וביחוד ליהודים.
בפרעות פסח תר"פ (1920) הרסו הפורעים חלק גדול מבנין הישיבה, שרפו את כל הרהיטים ותשמישי ביתהכנסת, אך במסירות נפשם של הרב ד"ר דוד דה-סולה פול (שהיה אז חבר "ועד הצירים'' - ראה ערכו בכרך זה), ד"ר אברהם טיכו (ראה כרך ב', עמוד 956) וחברי משלחת "הדסה" מאמריקה ניצל חלק מספרי התורה ויתר ספרי הקודש, ואחרי השקטת העיר תוקן הבית והישיבה חזרה לפעול בו כמקודם. הישיבה שימשה כעין מעוז ליהודים באזור זה של העיר, וקיומו של המוסד וביתהכנסת שבתוכו נסך הרגשת בטחון סביבו, וכך החל מתרכז עוד בימי השלטון הטורקי וגם אחרי מלחמת העולם הראשונה ישוב יהודי של עולים חדשים וגם ותיקים, בני עדות שונות, בבתי עזבון ויטנברג ובבתים אחרים בסביבה. אך בפרעות תרפ"ט (1929) נחרבה הישיבה שנית ויצאה אל מחוץ לחומה, וגם יתר התושבים היהודים עזבו את המקום.
רבי יצחק היה חובב ציון בכל לבו, ובהספדו על הגאון רבי שמואל מוהליבר בשנת תרנ''ח (1898) בהיכל הישיבה הבליט במיוחד את גודל מסירותו ופעולתו של המנוח לחיבת ציון. וכשביקר בארץ רבי יצחק ניסנבוים, שהיה מזכירו ויד-ימינו של ר"ש מוהליבר בעבודת חובבי ציון ביהדות הדתית וביקש לשאת את דברו בפני אנשי הישוב הישן, היה היכל ישיבת "תורת חיים'' המקום היחיד שהורשה לדרוש בו ברוח זו, וכשנמצאו בין הקהל קנאים שהפריעוהו בנאומו, השתיקם הגאון ראש הישיבה בנזיפה חמורה. ביחוד היה מאושר כשנתמנו מלומדי ישיבתו לרבנים במושבות, והיה מדריכם בעצות בעל פה ובכתב כיצד לקרב את צאן מרעיתם בדרכי נועם אל התורה והמצוה.
בניהול הישיבה בחומר וברוח עזרו על ידי אחיו הצעיר רבי יוסף אליהו וגיסו הרה"ג ר' זרח אפשטיין שאחרי פטירתו עמדו זה אחר זה בראשה, ואחיו רבי