באוניברסיטה את המתימטיקה כמקצוע ראשי ובו בזמן למד גם פילוסופיה, היסטוריה, ספרות ופסיכולוגיה, ואחרי גמר לימודיו הוסמך לד"ר לפילוסופיה.
באוניברסיטה החל להטיף לחבריו הסטודנטים היהודים מרוסיה את התורה הלאומית שלמד מידיהם הרצחניות של פורעי קיוב. יסד "אגודה מדעית רוסית-יהודית'', שעסקה ב"מדע" שלא נכלל במערכת הלימודים של האוניברסיטה : ה"מדע" של יהדות לאומית, המחפשת דרכים לקיום עצמאי, ללא תלות בהגנתם של שומרי-סדר נכרים, שגם הם שונאים את היהודים כמו הפורעים. באגודה זו התרכזו טובי הכוחות והמוחות של הסטודנטים מרוסיה, ששמותיהם בלטו לאחר זמן בתולדות התנועה הציונית בראשיתה מהם: שמריהו לוין, יוסף לוריא, נחמן סירקין, אביגדור יעקובזון, ש. א. סוסקין, דוד פרבשטיין, י. ל. וילנסקי, ועוד. אח"כ הצטרף לקבוצה זו גם חיים וייצמן. מוצקין הוכר כמנהיגה של הקבוצה וראו בו את הכח המניע העיקרי שבצבור הסטודנטים היהודי-הלאומי.
כדי לתת מושג על חומת האדישות וההתנגדות שהיה עליו להבקיע, כדאי למסור קטע מנאומו באגודה זו בחגיגת-חנוכה: - למה נהיה גרועים מאחרים ? מדוע לא יהיה בנו הכח לוותר על קיומנו המדומה ולנקוט בדרך פעולה עצמאית חדשה ? מדוע נושיט יד לנדבות מאת זרים - - ולהלן: - כאשר הופיעו ב-1881 "היהודים הלאומיים ברוסיה" (הכוונה לאנשי ביל''ו) בתכניתם המשולשת בדבר תחית הארץ, איחוד העם ותחית השפה כימי קדם, קמה סערה במחנה היהודי. קנאי הדת טענו: "למה תדחקו את הקץ ?! והאמונה בביאת המשיח מה תהא עליה ? " והחפשים בדעות קראו: בכך נותנים אתם יד למורדי האור", ולא הבינו כי אין החופש והחושך מתאימים לצמד אחד. והפחדנים צווחו: "אוי ואבוי, מה יאמרו האנטישמיים", והם שכחו, כי ההתכחשות לא הביא כל תועלת ליהודים. והפשרנים נאנחו: "למה תגזלו את נוחותנו ? הסתדרנו יפה, ובמשך הזמן תתרופף האנטישמיות והמצב ישתפר", ובינתים התעלמו מהמהלומות שניתכו על ראשינו והפ ריכו את התקוות היפות שיהודים אלה רוצים להשלות. בהן את עצמם ואת בני עמם. לכן אל לנו לשים לב לטענות כאלה, ואל לנו להרתע ממכשולים.
דברים אלה, נאמרו בשנת 1891, חמש שנים לפני פרסום החוברת "מדינת היהודים" ושש שנים לפני כינוס הקונגרס הציוני הראשון. כבר אז תפס מוצקין את התנועה הלאומית כתנועה פוליטית. ברור היה לו, כי "אם נמזג את היסוד האירופי והעברי יחד, נוכל למלא תפקיד מכריע בשדה שלום-העמים והתיווך בין העמים".
נשא לאשת את פאולה משהצליח לרכז סביבו צבור של סטודנטים ומשכילים מיוצאי רוסיה, נתן את דעתו ומרצו להוציא את הרעיון למרחב ולעשות לו נפשות גם בחוגים אחרים, כדי ללכד כוחות לגשת להגשימו בפועל. לשם כך יסד את האיגוד הטרום-ציוני הראשון של יהודי גרמניה בשם "ישראל הצעיר", ובאוגוסט 1896 יזם לכנס בברלין קונגרס יהודי-לאומי כללי כדי לעבד תכנית לפעולה יהודית משותפת. התכנית כללה בין השאר סעיף על "הכרזת ארץ-ישראל כמרכז מדיני ורוחני של העם העברי בעתיד". ציונית מדינית ממש! והנה נודע לו ולחבריו, שבוינה פורסמה זה לא מכבר חוברת בנדון זה מאת עתונאי וסופר מפורסם אחד שם החוברת "מדינת היהודים'' ושם המחבר ד''ר תיאודור הרצל. .. וגם הוא דורש אותו דבר עצמו, ותכניתו רחבה ונועזת עוד יותר. ובכן נתנו מוצקין וחבריו יד להרצל. במשך הזמן היו אח"כ לא פעם חילוקי דעות חריפים בין מוצקין להרצל, ולא תמיד הסכים לחתום "בלאנקו" (על שטר לבן וריק) על כל מה שאמר הרצל. כבר בקונגרס הראשון הראה, כי יש לו דעות מוצקות משלו, שהביע אותן אח"כ גם בחוברתו בגרמנית על המושבות העבריות בארץ-ישראל. אף-על-פי-כן היה מוצקין חסיד נלהב של המנהיג החוזה. לאחר שנים אמר, כי הרצל היה בשבילו החוויה העמוקה ביותר בחייו, שאפשר להשוותה עם חוויה אחת ויחידה, והיא: "אותו רגע מלא ההוד, כשבמוחנו הבריקה בפעם הראשונה ההכרה רבת האושר, כי הננו ציונים". והוא הוסיף, כי היה זה אותו מעשהבראשית, אשר התרחש בקונגרס הציוני הראשון. בציונות ראה מעין אושר מיוחד, מעין "זכיה בגורל".
בשנת 1898 יצא בשליחותו של הרצל לארץ-ישראל, ואח"כ מסר בקונגרס הציוני דו"ח מפורט על מסקנותיו, בכללן סטטיסטיקה מגוונת על האוכלוסיה במושבות, על הרכוש הקרקעי של היהודים בארץ, ובין השאר קבע, כי: "כל החולמים מתוך זכרונות תנ"כיים או אידיאלים סוציאליסטיים על שויון בין האכרים, חלו אכזבה קשה". לדעתו: "כל המושבות נוסדו לא על יסוד של קואופרציה, אלא על טהרת העקרון האינדיבידואליסטי". רק מושבה אחת ראה שונה מהאחרות, והיא - קטרה (גדרה), בה התישבו הביל''ויים הראשונים. וכן קבע שהאדמיניסטרציה הבארונית אינה מתאימה לתפקידן של המושבות: "המנהלים של המושבות