בתקופות שונות בחייו מילא גם תפקידים בשרות הצבור, כראש ישיבת "אור המאיר" לעדת כולל אונגארן, מגיד ודרשן בבתי-כנסיות, דיין בבית-הדין של עדת כולל החסידים. אבל יצירתו הגדולה היה בעיון ובמחקר בספרות התורנית, בחשיפת כתבי-יד עתיקים מגניזת קהיר, שהוא גילה אותה בראשונה, ומתוך אספים אחרים בספריות ובמוזיאונים בארצות המערב, ובהוצאתם לאור בלווי הארות והערות משלו. תוך חיי עוני ודוחק, שעלו גם על השיא של העוני הירושלמי הרגיל בימים ההם בקרב הישוב היהודי של הכוללים האשכנזיים, כשלא תמיד השיגה ידו לקנות נייר לכתיבת חיבוריו ולהעתקת ספרי תגליותיו או בול לשליחת מכתב, היה חוסך מפיו לקנית ספרים שהיו נחוצים לו לעבודתו, והיה שוקד עליהם יומם ולילה, ונתפרסם כאחד הגדולים בין אנשי המדע בעולם, העוסקים בחקר חכמת ישראל לדורותיה, ובספרו "באור השמות הנרדפים בתנ"ך" נתגלה כגאון גם בחקר הלשון העברית. החליף מכתבים עם גדולי הרבנים בעייני הלכה ועם גדולי המשכילים בעניני לשון ומדע, ואורח-חייו התנהל לפי כל דקדוקי התורה והמצוה ואף כשעסק בעיון בכתבי-יד בספרית מינכן, ישב שם בלבושו הירושלמי המסורתי. לצורך העיון והמחקר בכתבי הגאונים למד גם את השפה הערבית הספרותית.
הביבליוגרפיה של חיבוריו מכילה למעלה מ-30 ספר, והנה לקט מתוכה: "אבל משה" (הספד על השר משה מונטיפיורי, חיברו בגיל 19); "דרך שלמה" (על פירוש רבנו נסים למס' ע"ז); "דרכה של תורה" (כללים בתלמוד); "אבק סופר" (על חידושי החתם סופר לסוגיות הש''ס); "בתי מדרשות" (קובץ מדרשים מגניזת קהיר, עם הגהות והערות משלו, ד' חוברות), "גנזי ירושלים" (קובץ שו''ת, אגרות ופיוטים מכתבייד עתיקים, עם הערות); "מדרש חסרות ויתרות" (מכת"י, עם הערות); "לשון חסידים" (הערות והגהות ל"ספר חסידים" של ר' יהודה החסיד ותולדותיו); "קהלת שלמה" (תשובות הגאונים רב שרירא ובנו רב האי, מכת"י עם הערות); "עבודת הלב" (על עניני תפלה ופירוש על הושענות); "לקט מדרשים" (מכת"י עם הערות); "תוספי תוספות" (פירוש על תוספות הרא"ש למס' סוכה, מכת"י); "אור תורה" (הערות לספר "תורת משה" על התורה להרה"ג בעל חתם סופר); "יד אהרן" על פירוש רב סעדיה גאון למס' ברכות); "זכרון לראשונים ולאחרונים" קובץ חידושי תורה מכת"י של 'חכמים מדורות קדומים ומאוחרים); ועוד, ועוד. ונשארו אחריו בכתב-יד הרבה ספרים וחלקים נוספים לכמה מספריו המודפסים.
הוצעו לו משרות נכבדות בחו"ל בתור רב ומורה למדעי היהדות, אך מתוך חיבת הארץ העדיף חיי עוני בירושלים על חיי שפע בנכר.
נפטר בירושלים, י' תמוז תרצ"ה (11.7.1935).
צאצאיו: ר' יעקב מנחם ז"ל, רבקה ז"ל, ר' זאב וואלף (ארה"ב), ר' משה (ירושלים), אסתר ביילה אשת ר' צבי סנדר (ארה"ב), יוסף חיים (ארה"ב).
נכדו - הרב אברהם יוסף בן משה ורטהיימר ממשיך במסורת עבודתו התורנית והספרותית. בשנת תש"י-י"ג הוציא במהדורה חדשה חמשים מדרשי חזל, בחוברות מתוך כתבי-יד הגניזה. בשנת תשט"ז הוציא נכדו ספר יוסיפון במהדורה מדעית ומשוכללת. בידיו נמצאים כתבים רבים וחומר רב, שהוא מכין אותם להוציאם לאור.
משה שמיר
נולד בצפת, י"ב אלול תרפ"א (15.9.1921).
לאביו אריה שמיר (בקטריולוג, מותיקי השרות הממשלתי במקצועו. סגן מנהל המעבדה הווטרינרית הממשלתית בתל-אביב) ולאמו אלה בת אפרים אהרנסון (חניכת הגימנסיה העברית "הרצליה" בתל-אביב).
למד בית הספר תל-נורדאו ובגימנסיה הרצליה בתלאביב.
בנעוריו הצטרף לתנועת השומר הצעיר והגיע בה למעמד חבר ההנהגה הראשית. עבד שש שנים בחקלאות כחבר קיבוץ משמר העמק.
בשנות 1944-46 שירת בפלמ"ח והשתתף במאבק שבמחתרת.
ב-1946 נשא לאשה את צביה בת שלמה השל פרומקין (מהועד הפועל של ההסתדרות).
התחיל בעבודה ספרותית בהוציאו עם חבריו את קובצי "ילקוט הרעים" ו"דף חדש".
ב-1947 יצא ספרו הראשון "ידידיו הגדולים שלגדי" (סיפורי ילדים), ואחריו הרומאן "הוא הלך בשדות" (קיבל בעדו פרס-אוסישקין בתש"ח, והמחזה המעובד לפיו הוצג בתיאטרון הקאמרי למעלה מ-170 פעם